对含油污水污水，主要用油污分离器进行处理，除此以外，关键是在源头上进行控制，一是要加强管理，二是船上的设备要尽量少漏油。至于溢油及化学物品事故，目前，主要是建立快速的应急反应机制。
对船上的生活垃圾处理，主要的方法是收集到岸上处理、在船上焚烧、磨碎排放等。收集到岸上处理的方法用的最多，目前已有多种类型的收集装置，这种方法的优点是简单、实用，缺点是食品类垃圾容易腐烂，如果垃圾量大，需要容器的体积大，增加了船体的重量，此外，转运成本高。在船上焚烧，最大的优点是减量比例大，能达到90%以上，还能彻底消灭病菌，缺点焚烧炉投资比较高，要产生大气污染，至于焚烧炉的技术设备较成熟。磨碎法，因为只改变了污染物的物理形态，在内河上，只能和其他方法结合使用（对于海船，可以在一定条件下直接排放）。
