行政单位预算是财政总预算的基础，它是党和国家方针政策和社会发展战略在行政单位预算中的体现，是单位行政正常开展业务活动的重要经济保证。因此，为保证预算编制的质量，在编制预算中，要遵循下列原则：
预算编制要符合《预算法》和国家其他相关法律法规，要体现党和国家的重大方针政策，要在法定的职权范围内编制。一要做到收入合法，特别是行政单位的预算外资金收入和其他收人，要按照国家规定的收费项目和标准收费。二要做到支出合法，支出安排要符合国家法律、法规、规章和有关开支标准，遵守现行的财务制度。在支出测算中，要结合本单位所承担的职责任务和发展规划，与国民经济和社会发展计划相一致，与经济增长速度相配合，要体现勤俭节约精神。三要做到对依法批准具有法律效力的预算，必须认真执行。
行政单位预算是反映单位的经济活动全貌的年度财务计划，因此，在编制预算时，要遵循完整性原则。一要把所有的收入与支出全部纳入预算管理，编制综合预算;二要严格按照财政部门统一布置的预算报表格式和口径填报项目、计算数据、报送程序编报;三要编写文字说明，主要对行政单位预算的编制范围、特殊收入、支出项目的依据和测算方法，重大不确定性事项的提示等作出说明，全面反映单位的预算情况，为财政总预算的编制提供完整、可靠的数据和资料。
行政单位预算收支的数据测算必须遵循真实性原则。特别在支出数据的测算上，必须按照规定时点的实际人员、车辆等基本数据和必须开展的项目为依据，按规定的定额标准和市场价格测算，不得打埋伏、造假人头和虚设项目，编制虚假支出预算，骗取财政资金。
行政单位预算作为政府预算的组成部分，编制时应以社会经济发展和本单位的职能需要为依据，制订积极、合理的预算收支指标，尽可能地使预算确定的目标稳妥可靠，符合客观实际。一是收入预算要打实，并留有余地，对没有把握的收入不能列入预算。二是支出预算要打足，首先要保证人员经费、离退休经费、日常办公经费等基本经费的足额;其次，视财力情况，分轻重缓急合理安排项目支出，做到量力而行，统筹安排，积极稳妥。
行政单位预算的编制，涉及行政单位内部有经济业务关系的各个部门、各种业务。这就需要单位领导、部门负责人、预算编制人员的紧密配合，共同完成预算的编制工作，特别是我国推行预算改革的零基预算编制方法，没有部门负责人等参与，预算编制人员是无法编制出切实可行的年度预算的。
行政单位在编制预算时，特别对项目预算的编制要遵循绩效性原则。在编制预算时，要对项目的投资作可行性评估，根据成本一效益的考核标准，衡量项目的可行性，决定方案取舍，发挥预算资金支出效益的最大化作用，避免浪费或损失的发生。
