本研究所研究人员主要承担了联合国教科文组织的：“岩溶生态系统对比（IGCP448，袁道先院士任项目主席）”课题：该课题主要通过对各种典型岩溶生态系统进行对比研究，以寻求制约各种岩溶生态环境发展演替的内在动力并探索其系统的优化措施；“我国典型地区地质作用与碳循环（国家自然基金重点项目，2003-2006，袁道先院士主研）”：主要研究典型地区的碳循环对于全球变化中CO2浓度升高的贡献；“不同地区溶动力系统监测（国家社会公益研究专项基金项目，2001-2003，袁道先院士、刘再华教授主研）”：主要是对全国不同地区不同岩溶动力系统类型进行监测，掌握运行变化规律，以便为岩溶区的生产生活服务；“岩溶洞穴次生沉积景观修复研究（重庆市科委，2002-2004，袁道先院士、况明生教授主研）”：主要是对重庆武隆芙蓉洞内的次生沉积景观的退化机理和保护、修复措施进行研究，寻求可持续发展的洞穴旅游开发模式； “多重胁迫下西南岩溶生态系统脆弱性和生态恢复重建能力研究（国家自然基金西部专项，2003-2005，章程副教授主研）”：主要针对西南地区多重影响下的岩溶生态系统脆弱性根源进行探索，力图找到其重建能力的阈值，以更好的为岩溶区生态重建服务；出版专著3部，公开发表学术论文41篇，其中SCI4篇，学科级12篇，核心期刊25篇。硬件设施良好，有计算机15台，投影仪1台，扫描仪1台，打印机3台，数码摄像机1部，相机1部，光学投影机1台，野外自动观测仪1套等多种科研设备。