（一）综合科。负责本单位日常运转工作，承担日常工作的综合协调与督办。负责本单位文秘、调研、会务、机要、档案、保密、信息工作。负责本单位人事、财务、政府采购及资产管理、后勤服务等工作。组织办理人大代表建议和政协委员提案。负责编制汇总全州移民安置和移民开发经费的年度计划。负责对移民资金进行管理监督。对各县市移民资金的使用管理、投资计划和预算执行情况及相应的经济活动进行监督检查。

（二）规划安置科。负责辖区内移民安置前期规划工作，配合设计部门完成预可行性研究和可行性研究阶段的工作。组织协调各有关部门参与库区和淹没区实物指标调查，库区、重点建设区资源调查以及安置环境容量分析。参与组织编制移民安置大纲和总体规划。组织、指导各县市编制移民安置实施规划。会同有关部门协调县级人民政府与项目法人单位和设计单位的关系。编制移民安置和搬迁年度计划，组织、协调和督促落实移民搬迁。负责移民开发项目的实施管理工作。开展移民开发项目的调查研究和计划安排，负责和参与移民工程项目招投标、质量和进度管理。负责移民工程项目统计，参与移民工程资金拨付工作。负责移民信访工作。负责中型水利工程《实物指标调查工作细则》的审查。负责中型水利水电工程和跨县的小型水利水电工程建设征地补偿和移民安置社会稳定风险评估的审查。

（三）后期扶持科。负责辖区内已建成的大中小型水利水电工程移民后期扶持发展工作，开展大中型水库移民后期扶持工作。组织编制全州大中型水库移民后期扶持规划。审查县级大中型水库移民后期扶持规划。编制和审查全州移民后期扶持项目年度计划并报省搬迁安置业务主管部门备案。建立和完善大中型水库移民后期扶持信息管理系统。审查省级切块下达的移民后期扶持基金项目，并抓好项目的质量、进度和资金管理。组织对库区和移民安置区经济合作项目进行协调。负责“挂包帮”定点扶贫工作。协调解决库区移民后期扶持发展的相关问题。