1、办公室
职责：协助局领导组织机关日常工作，对各科室工作进行协调；负责文秘、公文、信息、信访、文书档案、保密、宣传报道以及机关规章制度建设；做好全局的后勤保障和来客接待工作。
2、人事教育科
职责：负责局机关、直属企事业单位的机构编制和人事、劳动工资管理工作；负责全局的科技教育，配合有关部门搞好专业技术职务评审工作；负责全局的干部考核、考察、配备等工作，做好全系统的招工以及干部职工的离退休管理工作；负责落实老干部政策及日常事务工作；做好党务、纪检监察等具体事务工作；做好保卫、保密以及人事档案管理工作。
3、防汛办公室
职责：提出对全市汛前检查意见，汇总报告检查情况，当好领导参谋；及时编报大中型水库控制运用计划；做好防汛、防旱、防台值班工作，及时掌握情况，提出处理意见；受权负责高湖滞洪水库的管理工作。
4、计划企财科
职责：负责全市水利水电行业的财务、会计管理；编报水利水电建设计划，做好资金的使用、日常财务管理工作；遵守财经纪律，加强系统的财务监督、审计工作，定期做好会计报表，了解掌握系统内企业的生产经营情况，当好领导参谋；完善和落实企业承包经营责任制，严格财务审计、监督以及合同结算兑现工作；协助企业做好技术改造、新产品开发；负责做好固定资产的申报登记、审查工作。
5、水政水资源科
职责：主管水利行业法规建设和水利执法工作；负责全市水资源统一管理和保护工作；组织实施取水许可制度和水资源费征收管理制度；会同有关部门制订水中长期供求计划；主管全市计划用水、节约用水、用水调度和城镇供水水源规划工作。
6、规划建设科
职责：组织编制全市水利长远发展规划、五年计划和年度计划，组织编制和审查辖区内主要河流和重点乡镇的水利综合规划；负责全市水利基建项目的审查、审批、报批及建设管理，组织工程验收；对全市水利工程实行行业管理，归口管理水利工程设计、施工、监理、质量监督、造价管理、招标投标和安全生产等工作；负责有关水利综合统计工作。
7、行政审批服务科
主要职责：负责水行政许可工作，承担局行政审批的日常工作；负责受理水行政审批申请，审核提交的申请材料；在职责范围内组织协调水行政审批事项的听证、评审（论证）、核准工作，行使水行政审批职能；按规定时限完成行政审批事项，出具并送达行政审批决定；负责行政审批事项政务公开工作。
8、水利水电工程质量安全监督站
职责：负责制定全市水利水电工程质量方面的有关规定和制度并监督实施；按照分级负责的原则，负责对辖范围内的水利水电工程进行质量监督管理；参与所辖水利水电工程的招标和施工组织设计、技术措施的审查工作；参与受监工程的隐蔽工程及关键部位的阶段验收和竣工验收并签署对工程质量的评定意见；在水利水电工程项目申报优秀设计、优秀工程时，签署对工程质量的评价意见；参与被监水利水电工程质量事故的调查、分析、处理和工程质量争端的仲裁；掌握本市水利水电工程的质量动态，及时上报在质量监督工作中发现的重大问题。
9、水利水电勘测设计院
职责：负责全市大中型水利水电新建、改建工程的规划、勘测、设计、审报和其它水利工程的设计审核工作；做好浦阳江较大堰坝、涵闸修建工程、55Kw以上机电排灌站及小水电建设的规划，勘测、设计、施工监督及验收工作；编制开发建设项目水土保持方案，并做好水土保持工程设计；抓好小（一）型水库的续建保坝工程；搞好技术档案管理工作。
10、河道堤防管理所
职责：负责浦阳江干支流河道堤防、沿山排涝渠道的小型涵闸、小型堰坝工程的设计、施工监督及验收工作；负责河道采砂管理和河道堤防管理范围内的征用、占用管理工作；负责湖畈标准堤建设及维护管理；联合水政监察大队及时处理河道及堤防管理范围内的违章建筑、违章种植和违章堆积等。
11、水库管理所 （挂水库渔政管理站牌子）
职责：负责编制全市水库的年度和中长期规划：负责小（一）型及以下水库管理工作，包括灌溉管理、工程管理、清障、潜水维修、大坝安全技术鉴定以及病危水库的除险加固等；编报小（一）型水库控制运行计划，负责小（一）型以下水库工程及渠系配套工程的设计、施工监督、验收工作；负责全市镇乡供水站建设的技术指导工作；编制《小流域综合治理规划》，做好小流域治理工程、农业园区建设、农发项目、节水项目等工程的设计、施工监督、验收工作；负责水库渔政管理、渔政执法和渔业资源费的征收、使用管理。
12、机电管理站 (电力排灌站 )
职责：负责国营机电排灌站的工程管理、财务管理、机务管理、灌溉排水管理、排灌设备的技术改造和配套、更新等工作；负责小型机电排灌站的设计、施工监督、验收工作；定期检查、保养排灌设备；负责国营电排系统的干部职工管理工作；做好集体机电排灌站的技术、业务指导工作。
13、水电管理站
职责：负责全市小水电站的管理工作，包括水电站的挖潜改造、配套等，协助做好新建、技改电站的前期工作；负责电站折旧资金的收交、管理、使用工作；做好股份制电站的建设管理和发展工作。
14、水政监察大队
职责：负责对全市水资源、水工程、河道堤防管理保护范围及水文设施、防汛设施等的监督；参与水法规宣传、教育，依法查处违反水法规的行为：协同调处水事纠纷。
15、水土保持监督管理站
职责：负责实施水土保持监督和开发建设项目水土保持方案审批工作；依法征收水土保持设施补偿费和水土流失防治费；。
16、物资供应站
职责：负责防汛抗旱及重点水利水电工程物资的购销、储备和调运工作；做好机电排灌设备、备件、配件和重要工程物资的采购、供应工作；负责水利水电废旧物质资的回收和仓库物资、财产的管理工作；协助办公室做好后勤工作。
