（一）现行政权层次构造与财政转移支付制度极不协调

政府权力层次构造决定于政府职责和行政管理方式，现在的五级政府与计划经济体制下政府由上至下统管所有领域各项具体事务的要求相符。市场经济体制要求政府转变职能，淡化了自上而下的管理需求，增强了地方政府因地制宜、独立管理区域问题的必要性，密集的政权层次结构不再适应经济体制的要求。分税制财政体制改革，前提是对各级政府的事权范围的划分，事权范围决定着财政支出的范围和财政收入的划分，所以事权的划分是多级财政体制协调过程中的基础性环节。政治体制改革的滞后，各级政府的职能界定和事权划分都不明确，甚至政府职能转化尚没有实现的情况下，仅依据短期需要就进行各级政府间财权的划分，财权划分走在了事权划分的前面，主次颠倒，这一划分必然与实际需求和理论需求相左。

（二）分税制的不彻底导致转移支付制度的不合理性

我国的分税制虽然初步建立起了大框架，但与规范化的分税制尚有一定距离，在具体的税种划分上、地方税收体系的完善上，仍存在很多问题。在税种划分上：一是没有打破按企业隶属关系划分税种的格局，二是没有打破按行业划分税种的局面。在地方税收体系的完善上，还未形成一个稳定的地方税体系，有些应开征的税种尚未开征；由于税收体制的高度统一，地方没有税种设立权，影响了地方税收体系的建立。分税制的不彻底，影响了财力初次分配的合理化，使转移支付这种再分配包含了固有的不合理成分。

（三）转移支付制度缺乏法律的支撑和保证

转移支付制度作为政府间财政关系的支柱之一，是中央政府在分权性财政管理体制的基础上对地方政府实施制衡的重要财政手段，必须将其纳入法制的轨道，使其具有很高的权威性、规范性和可操作性。世界上许多国家普遍以法律形式、甚至通过宪法对有关政府间转移支付事宜做出明确规定，相比之下，目前我国尚无涉及政府间转移支付事宜的法律，现行财政转移支付制度的立法层次太低，制度的稳定性也较差、法律规定缺乏权威性。我国在1994年的《预算法》中，对中央和地方收入体制和范围划分虽做了较为明确和原则的规定，但是其法律效应有限，这使得目前的转移支付改革缺乏法律的支撑和保证，直接影响了转移支付制度效应的充分发挥。转移支付法制化是市场经济比较发达地区转移支付的重要特征，只有实现转移支付法制化才能够真正实现转移支付规范化、公平化、透明化。