2001年7月，为进一步规范事业单位管理，确立事业单位法人主体，经贵州省机构编制委员会同意，将公司更名为贵州省有色勘测设计院，为原贵州省有色地质勘查局下属的正县级事业单位，由于资质原因，贵州有色地质工程勘察公司的名称仍然保留，贵州有色地质工程勘察公司与贵州省有色勘测设计院实行合署办公、生产、经营。

2002年4月，根据国家建设部资质就位有关规定，将单位的施工资质及相应的施工资源分离组建成立贵州黔色建设工程有限公司，分离组建成立的贵州黔色建设工程有限公司于2005年1月与贵州省有色勘测设计院、贵州有色地质工程勘察公司实行三家合署办公、生产、经营。

2006年9月，将单位的试验检测中心分离组建成立贵州正和工程质量检测试验研究有限公司，分离组建成立的贵州正和工程质量检测试验研究有限公司与贵州省有色勘测设计院、贵州有色地质工程勘察公司、贵州黔色建设工程有限公司实行三家合署办公、生产、经营。

2010年1月，贵州省人民政府决定将原贵州省核工业地质局合并到原贵州省有色地质勘查局，原贵州省有色地质勘查局更名为贵州省有色金属和核工业地质勘查局，贵州省有色勘测设计院相应更名为贵州省有色金属和核工业地质勘查局地质勘测设计院，贵州有色地质工程勘察公司名称及相关资质继续保留。

单位注册资金共计4176.5万元（其中贵州省有色金属和核工业地质勘查局地质勘测设计院986.5万元、贵州有色地质工程勘察公司1510万元、贵州黔色建设工程有限公司1500万元、贵州正和工程质量检测试验研究有限公司180万元），单位现有总资产近7000万元。