根据上述职责，贵港市国土资源局内设12个科室。
办公室
负责局机关日常管理工作；负责协调市局机关各科室、二层机构和县（市）局之间的关系；负责综合性文件（材料）的起草、重要会议的组织、文电处理、秘书事务、信息综合、新闻宣传、文书档案、保密、文印、安全保卫、后勤接待、车辆管理和机关日常办公用品采购及管理等工作。
法规监察科
草拟本市土地、矿产违法案件查处办法；负责对全市国土资源执法情况进行监督检查；组织开展对土地利用规划、矿产资源保护与利用规划的实施情况和农用地转用、土地征用、土地资产处置、土地使用权交易、探矿权和采矿权的管理与转让、土地使用权出让金和有关规费的征收等情况进行监督检查；组织对重大案件进行查处；组织国土资源政策调研，负责审核全市地政、矿政管理的规范性文件；办理有关听证、行政复议、应诉等事宜；组织协调全市国土资源法制建设工作；负责国土资源政策法律法规的咨询和宣传教育。
规划科
组织研究全市和重点地区国土综合开发整治的政策措施，编制和实施全市性的国土规划、土地利用总体规划、矿产资源总体规划、地质环境规划等综合规划和其它专项规划;依法指导和审核国土资源相关规划；组织编制资源调查评价、勘查专项规划；负责土地利用计划的编制和管理；负责建设项目用地预审；参与报送市人民政府或自治区人民政府审批的城市总体规划的审核工作；编制国土资源科技发展规划，对重大科技项目的实施情况进行管理、监督、检查；组织实施本行业科技项目的对外合作与交流。开展国土资源经济形势分析，研究提出全市国土资源供需总量平衡的政策建议，参与全市宏观经济运行及相关改革研究；组织国土资源重大课题调研，承担综合统计和局内专业统计归口管理工作；协调和组织局内有关综合研究工作；负责局预算内重大项目的综合监管和稽查。
财务科
依法承担国土资源专项收入征收管理相关工作；承担有关专项资金的管理工作和部门预决算、政府采购、国库集中支付有关工作；贯彻执行国家和自治区有关财经方针政策和财务会计制度，拟定有关财务、资产管理制度，承担所属单位财务及国有资产监督管理工作；监督检查下级国土资源管理部门的有关收费。
耕地保护科
负责全市基本农田保护、农用地转用、土地征收征用和土地整理、复垦、开发的指导和监督工作；负责组织耕地保护责任目标考核的有关工作，监督检查基本农田保护和占用耕地补偿制度落实情况；承办报国务院、自治区人民政府、贵港市人民政府审批的用地事项的审查工作；负责全市征地批后实施的监督管理工作。
地籍管理科
负责市本级国有土地使用权初始、变更登记发证和集体土地所有权登记发证工作；负责土地证书查验工作；负责土地权属确认工作；负责国有建设用地使用权抵押登记工作；负责土地资源现状调查、动态监测、地籍权属调查、变更调查和统计工作；负责地籍信息系统的建立和管理工作；负责土地登记可查询制度的组织实施工作；负责指导、检查县市区地籍管理工作。
土地利用管理科
承担城乡建设用地和土地市场管理工作；负责全市建设用地使用权划拨、出让、租赁、作价出资(入股)、转让、交易、政府收购、储备和全市建设用地供应管理工作；拟订并实施全市土地供应、土地价格、土地资产和土地储备管理办法；承担节约集约用地评价、土地分等定级、土地市场和地价实施动态监测工作，组织实施土地开发利用标准、基准地价、标定地价等地价制度；执行国家土地估价管理办法和行业技术规范；负责对土地估价行业自律组织和土地估价机构、人员进行监管；承担改制企业国有资产的处置工作。
测绘管理科
负责本行政区测绘工作的统一监督管理，指导所辖县(市)测绘管理工作；组织编制本行政区的基础测绘、地籍测绘规划和年度计划并组织实施；负责对使用本级政府财政资金的测绘项目和使用本级政府财政资金的建设工程中的测绘项目在批准立项前的审核，提出立项意见；负责本行政区的测绘市场管理，依法监督测绘项目的招投标；监督管理本行政区地图的编制、出版、展示、登载；负责本行政区基础测绘成果和测绘成果质量的监督管理；负责测绘资质证书、测绘作业证的监督管理工作；依法查处测绘违法案件。
矿产开发管理科
承担采矿权审批登记发证的管理工作；实施采矿权设置方案；承担矿产资源保护和保护性开采特定矿种的管理事项；管理采矿权市场；监管矿产资源的开采活动；调处重大采矿权权属纠纷。
地质环境储量科
组织编制和实施地质环境、地质灾害防治、地质遗迹保护规划；组织协调和监督地质灾害防治工作，组织对地质灾害竣工工程的验收；负责矿山地质环境保护与生态环境恢复治理的监督检查，组织编制矿山地质环境恢复治理方案和矿山地质环境保证金的管理；负责地热、矿泉水开发利用的监督管理；负责建设用地地质灾害危险性评估报告的评审与备案工作。监督管理矿产资源勘查活动；受理拟设探矿权申请、变更、转让、年检，负责拟设探矿权区域状况调查；协助调处重大地质勘查争议、纠纷，协助查处探矿活动中的违法行为。负责矿产资源储量的评审、备案、登记、统计；组织实施矿山储量动态监督管理；负责建设项目压覆重要矿产资源情况的审查；参与矿产资源供需形势分析。
国土纠纷调处办
组织开展市本级国土资源权属纠纷调处工作；组织调查与处理跨县级行政区域以及同级人民政府、上级国土资源行政主管部门交办或者有关部门转送的国土资源权属纠纷；指导并监督检查下级的国土资源权属纠纷调处工作；负责信访工作和社会治安综合治理工作。
人事科
承办局机关及直属单位的机构编制、人事管理；参与对县（市）国土资源管理部门领导班子和领导干部的考核与管理；负责编制和组织实施职工教育培训规划；负责职工工资的审核和报批；负责本系统的职称管理;负责科级以下（含科级）人员办理出国（境）手续的审核工作。
