跨流域开发工程主要有区域开发、跨流域调水等活动。跨流域调水不仅造成水系的混乱，引发流域生态系统的变化，而且还可能导致被引水河流水资源变化、引水灌区土壤次生盐渍化等环境问题。我们仅以我国南水北调工程为例来论述跨流域开发工程对地质生态环境的影响。

我国东部南水北调工程，包括东线和中线两个方案，将贯穿长江、淮河、黄河和海河四大水系，流经10个省、市。这是一项宏伟庞杂的跨流域开发工程，必然对地质环境产生巨大的影响。

跨流域开发东线南水北调对长江河口环境的影响

长江口口门宽达90km，水域辽阔，水文特性和河床演变复杂。现状环境受径流量大小、潮汛强弱、河道深浅及含盐高低等因素的综合影响。东线调水1000m³将改变这些因素的量值及其组合情况，可能引起盐水入侵、拦门沙增加、渔场变化及水质污染等问题，尤其在枯水季节将增加海水入侵长度和入侵时间，因而影响长江人海口地区的工农业用水和生活用水的水质。

跨流域开发南水北调对沿线土壤盐渍化的影响

按地球化学过程来看，太行山和燕山山前洪积冲积原带，因地下水埋深大，矿化度多在0.5-1g/L以下，土壤地球化学过程以淋滤为主，不受土壤盐渍化威胁。但河流冲积平原，如河北中部、江苏北部、山东北部为黄泛平原区，许多地区地下水位埋藏浅，矿化度多为2g/L左右，局部达5g/L以上，土壤地球化学过程以累积为主，是我国盐碱土壤主要分布地区之一。南水北调后这些地区水量平衡将发生重大变化，由于粉砂壤土渗漏、侧漏，地下水位将会升高，次生盐渍化的产生和扩大是不可避免的。因此，应采取积极防范措施。

跨流域开发南水北调对水生生物的影响

东线南水北调方案中，输水线路流经洪泽湖、骆马湖、南四湖、东平湖等淡水湖泊，这些湖泊有着水生生物活动的优越条件(水浅、含氮、磷、钾、有机物等，水草丰富，透明度好，阳光充足)，是我国淡水渔业基地之一，也是水生植物的富产区。调水后，湖泊环境将产生变化，沿线湖泊水位抬高、水深增加，静水或缓流水体变成速流水体，泥沙含量增加，湖水透明度减小，水体初生产力(藻类、游植物、水草)降低，湖中有机物质和营养盐类冲淡，水生植物光合作用减弱，这些都将威胁水生植物的生存，命鱼类饲料减少，从而影响整个水体生态系统。