根据上述职责，市环保局设7个职能科室和党委办公室、监察室。
（一）办公室 编制5名，其中工勤人员编制3名，职数2名
负责局机关政务综合协调和监督检查。协助局领导组织协调局机关日常工作；拟定局机关工作制度并监督执行；负责局机关值班工作；负责局机关文电、电子政务、档案、机要、保密、安全、保卫、车辆管理工作；负责综合性环保会议的组织协调，起草全市环保综合性会议文件和其他重要文件；组织进行重要环保政务督察；管理环境信息和信息化工作；组织编报政务信息；承担局新闻审核和发布工作。
组织编制环境保护专项规划；负责环境保护中长期规划评估；负责提出环境保护专项资金安排意见并监督实施；参与监督管理环境保护基本建设，参与组织环境保护政府采购（投招标）工作；组织编报、审核、汇总预决算；负责国有资产管理等工作；承担局机关财务管理、经费会计核算和资产管理工作；负责内部审计工作；审核报批环保系统收费项目和标准，参与宏观经济形势分析工作；按照管理权限，指导、管理、监督排污费的征收和使用；会同有关部门管理市级环境污染治理资金和市级环境保护专项资金。
（二）政策法规科 编制2名，职数1名
承担局机关规范性文件合法性的审核工作；承担环境保护政策研究；承担环保行政处罚、行政复议、行政应诉、行政赔偿等法律事务；依法进行环保法律法规培训，组织环保执法检查；负责行政处罚的审核和执行工作；负责各类评优创先活动的环保守法情况审核；负责本市重大污染事故的调查处理；负责本局行政处罚的审核、执行工作；负责接待污染信访人员，搞好信访处理工作；负责污染仲裁工作；协调解决本市内跨县（市、区）、开发区的污染纠纷。
（三）污染防治科 编制2名，职数1名
组织编制全市环境保护规划；拟定和监督实施全市重点区域、流域污染防治规划和实施工作；参与制定全市国民经济与社会发展规划和计划，审核城市总体规划中的环境保护内容；负责全市水体、大气、土壤、噪声、光、恶臭、固体废物、化学品、机动车、饮用水源地等污染防治工作和污染源限期治理工作；组织实施危险废物、医疗废物及电子等工业废物排污申报登记、跨界河流断面水质考核、清洁生产强制审核、循环经济发展、上市及再融资环境保护核查等环境管理工作；组织拟定有关污染防治专项规划并监督实施；查处违法排污行为。
（四）污染物排放总量控制科 编制2名，职数1名
负责全市主要污染物排放总量控制、排污许可证管理、排污交易和环境统计工作；制定和实施总量控制计划；承担总量减排调度、监督、审核考核工作，并定期公布考核情况；承担环境统计和污染源普查工作；负责核准节能减排财政和价格补贴相关工作；组织测算并确定区域、流域环境容量；组织编制环境统计年报和统计报告。
（五）生态保护科 编制2名，职数1名
监督管理对生态环境有影响的自然资源开发活动、重要生态环境建设和生态破坏恢复工作，完成全市的矿山生态恢复规划工作；编制市级生态功能区划，组织实施全市生态功能区划和生态经济区划并指导县（市、区）人民政府、各开发区管委会相关工作；进行全市生态状况质量评估；提出新建和调整的各类市级自然保护区审批建议，对自然保护区的保护工作进行监督；组织进行生物多样性保护、生物遗传资源、农村生态环境保护和畜禽污染防治工作；监督管理农村土壤污染防治工作；指导生态示范创建；组织实施农村环境综合整治；查处农村污染和生态破坏事件。
（六）环境影响评价科 编制2名，职数1名
执行国家关于开发建设项目环境管理法规、政策，对权限内的战略、政策规划、计划和区域等环境影响评价文件进行审核，承担本行政区域内新建、改建、扩建和技术改造项目的环境影响报告文件的审批工作；提出区域、流域限批和行业限批建议并监督实施；负责环境影响评价工作；对违反国家《环境影响评价法》建设项目进行查处，负责矿井关闭相关工作，对环境影响评价机构资质和环境影响评价工程师资格进行日常监督管理。
（七）安全科技科 编制2名，职数1名
承担核安全、辐射安全的监督管理工作，参与核事故应急处理，负责核与辐射环境事故应急处理工作；负责核与辐射项目环境影响评价和竣工验收工作；对核与辐射安全和核技术应用、电磁辐射、伴有放射性矿产资源开发利用中的污染防治实行监督管理；查处核与辐射环境违法案件；组织环境监测（包括污染源在线监测）工作，调查评估全市环境质量状况并进行预测预警，组织编报环境质量报告书；发布全市环境质量综合性报告和重大环境信息；负责全市环境监测系统业务管理和技术指导工作；承担环境监测网、污染源在线监控网和环境信息网的有关工作；负责全市污染事故（除核污染事故外）的应急处理工作；负责监督管理全市建设项目“三同时”制度执行情况，组织进行国家、省及市级审批的建设项目试生产管理和市级审批的建设项目的环境保护验收工作；承担建设项目违反“三同时”制度的查处工作，组织建设项目环境监理工作，对监理单位实施监督管理。
党委办公室 编制1名，职数1名
负责机关及下属事业单位的党群工作。
监察室 编制1名，职数1名
