参照《教育部重点实验室建设管理办法》的精神，本重点实验室是一个相对独立的科研实体。由中华人民共和国教育部和依托单位中国海洋大学相互配合分层次对实验室进行管理，并由中华人民共和国教育部聘任主任一人，全权负责实验室工作。实验室实行“开放、流动、联合、竞争”的运行机制，不仅对国内大专院校和科研院所开放，而且积极创造条件对外开放。积极参与国际合作与学术交流，邀请国外知名学者担任实验室的兼职教授或学术顾问，互派留学人员合作进行科学研究，联合培养人才。实验室欢迎国内外科学家来实验室做研究工作，并鼓励正在完成硕士、博士论文和已取得硕士、博士学位或相当水平的青年科学工作者来室工作。
为了加强对实验室的学术领导，实验室建立独立的学术委员会，其主要职能是决定实验室的研究方向和重点，评议课题的研究进展及人员和成果水平、审批开放课题申请书、监督经费使用、协调对外开放等。学术委员会原则上每年开会一次。
