（一）办公室。负责机关日常运转工作，承担信息安全、保密（机要、值班）、政务公开和综合协调、会务、督查督办、考核、新闻宣传、档案、后勤等工作。负责机关规章制度建设。负责组织综合性文稿材料撰写工作。组织开展水利行业重大综合性课题调研。
（二）规划计划处。组织编制全市水利战略规划、中长期规划、综合规划、流域规划和重大专项规划。归口管理水利专业和专项规划的编制工作。负责全局性重大水利改革统筹协调。负责水利固定资产投资和建设项目前期工作投资计划的统筹管理。负责水工程建设项目合规性审查。组织指导重要水利建设项目前期工作，组织提出全市水利固定资产投资的规模、方向、项目安排建议和年度建议计划。指导水利建设项目后评估工作。承担水利统计、普查工作。
（三）政策法规处。指导水利依法行政工作。组织起草水利地方性法规和政府规章草案，研究拟订水利工作的政策并监督实施。负责机关规范性文件和市级水利行政许可审批项目的合法性审查工作，指导水利行政许可工作并监督实施，承担行政许可、行政处罚的听证组织工作。统筹指导行政应诉工作，承办行政复议和行政赔偿工作。组织指导水政监察和水行政执法，协调跨区县（自治县）水事纠纷，组织查处重大涉水违法事件。
（四）财务处。编制部门预算并组织实施，承担机关并指导所属单位的财务管理和资产管理工作。负责提出中央和市级水利财政资金安排建议，并统筹协调项目实施的监督管理和绩效评价。提出有关水利价格、税费、基金、信贷的建议。
（五）组织人事处。负责机关和直属单位的干部人事、机构编制、劳动工资工作。负责水利行业职称、职业技能鉴定等工作，负责指导干部人事培训工作。指导水利行业人才队伍建设工作。
（六）水资源管理处。承担实施最严格水资源管理制度相关工作。组织实施取水许可、水资源论证、用水总量控制等制度。指导开展水资源有偿使用工作。指导水量分配、河流生态流量水量管理、河流水生态保护与修复及河流水系连通工作并监督实施。组织编制水资源保护规划，指导饮用水水源保护有关工作。组织开展水资源评价有关工作，组织编制并发布重庆市水资源公报。指导地下水开发利用和地下水资源管理工作。参与编制水功能区划和指导入河排污口设置管理工作。
（七）全市节约用水办公室。拟订节约用水政策，组织编制并协调实施节约用水规划。组织指导计划用水、节约用水工作。组织实施用水效率控制和定额管理制度。指导和推动节水型社会建设工作。指导城市污水处理回用等非常规水源开发利用工作。
（八）水利工程建设处。指导水利工程建设管理及造价管理工作，制定有关制度并组织实施。组织实施水利工程蓄水安全鉴定和验收。指导大江大河干堤、重要病险水库、重要水闸的除险加固。组织实施市级重点水源工程、江河治理的建设管理及监督工作。组织实施水利建设市场的监督管理和水利建设市场信用体系建设。
（九）水利设施运行管理处。负责水利设施的管理、保护和综合利用。负责水利工程管理体制改革工作。组织实施水库大坝及水闸的注册登记、水库大坝安全鉴定和监测。组织编制水库运行调度规程。指导水库、水电站大坝、堤防、水闸等水利工程的运行管理与划界。
（十）河道管理处。指导河道水域及其岸线的管理和保护工作。组织指导河道管理范围划定工作。指导重要江河、水库、滩涂、河口的开发、治理和保护。监督管理河道采砂工作，负责河道采砂规划和计划的编制及河道砂石资源有偿使用制度实施。组织实施河道管理范围内工程建设方案审查和防洪论证制度。
（十一）水生态建设与河长制工作处。牵头负责水生态建设工作。负责全市推进河（库）长制工作的协调、督导、考核等具体工作。起草拟订河（库）长制管理制度，承办市级总河长会议，落实市级总河长、副总河长确定的事项。拟订并分解河（库）长制年度目标任务，并监督实施。承担重庆市河长办公室日常工作。
（十二）水土保持处（市水土保持委员会办公室）。负责全市水土保持工作。负责全市水土流失调查、综合防治、监督管理和监测评价、预报、公告等工作。组织编制全市水土保持规划并监督实施。组织实施水土保持补偿费征收制度。组织实施生产建设项目水土保持方案制度。承担重庆市水土保持委员会办公室日常工作。
（十三）农村水利水电处。组织拟订农村水利水电法规、政策、发展规划和地方标准等，并监督实施。组织实施大中型灌排工程建设与改造，指导实施农村饮水工程建设管理工作，组织指导节水灌溉有关工作。指导农村水利社会化服务体系建设。组织编制农村水能资源开发规划，组织开展水能资源调查评价。组织指导水电农村电气化、农村水电增效扩容改造以及小水电代燃料等农村水能资源开发工作。
（十四）水利工程移民安置处。承担水利工程移民安置管理工作。组织实施水利工程移民安置验收、监督评估等制度，审查大中型水利工程移民安置规划大纲，审核大中型水利工程移民安置规划和项目年度计划，承担新增大中型水利工程（水库）移民后期扶持人口审核、登记和申报工作。
（十五）水库移民后期扶持处。组织编制全市大中型水库移民后期扶持规划，并指导实施。指导检查大中型水库移民后期扶持政策执行、监测评估及绩效评价。调查研究移民后期扶持政策实施中的重大问题并提出建议意见。负责水利扶贫等工作。
（十六）监督处。督促检查水利重大政策、决策部署和重点工作的贯彻落实情况。拟订全市水利安全生产发展规章制度及年度计划并监督实施。组织实施水利工程质量和安全监督。组织实施市级及以上水利投资项目的稽察和整改落实情况的监督检查。指导水利行业安全生产工作，组织指导水库、水电站大坝及农村水电站的安全监管。
（十七）水文与水旱灾害防御处。组织指导全市水文工作，组织实施全市水文水资源（含水位、流量、泥沙、水质等要素）监测工作。组织实施市级及以上水文站网建设和管理。组织实施江河湖库和地下水监测。发布水文水资源信息、情报预报。组织编制洪水干旱防治规划和防护标准、重要江河水库和重要水工程的防御洪水抗御旱灾调度以及应急水量调度方案并组织实施。组织实施山洪灾害治理、水利水毁工程修复工作。
（十八）三峡库区工作处。负责三峡工程（重庆库段）后续工作规划的综合协调、组织实施和监督管理。负责拟订三峡后续项目年度实施意见。牵头承担三峡后续项目的审核、报批、组织实施并监督管理。牵头提出三峡后续项目年度资金分配建议方案，并监督实施。牵头负责三峡后续工作专项资金绩效管理有关工作。组织实施三峡水库蓄退水安全和运行调度有关工作。配合落实三峡工程验收有关工作。负责三峡库区基金的使用管理。牵头负责三峡水库综合监管及相关工作。承担重庆市三峡后续工作领导小组办公室日常工作。
（十九）调水管理处（市渝西水资源配置工程建设领导小组办公室）。承担跨区域跨流域水资源供需形势分析，提出水资源供需总量平衡的意见，指导水资源调度工作并监督实施，负责拟订大中型调水工程年度供水计划并组织调度实施。组织指导大中型调水工程前期工作。指导监督跨区域跨流域调水工程的调度管理等工作。研究提出渝西水资源配置工程有关政策建议，承担工程前期工作、建设及运行管理有关工作，承担重庆市渝西水资源配置工程建设领导小组办公室日常工作。
（二十）对外合作与科技信息化处（市三峡库区对口支援办公室）。牵头负责水利信息化工作。负责水利系统教育、培训、对外交流合作及水利科技等工作。承担市级水利有关涉外事务、国际合作和外事工作。拟订水利行业技术标准、规程规范并监督实施，组织开展重大水利科学研究、技术引进和科技推广。负责水利对口支援、经济合作等工作，承担重庆市三峡库区对口支援办公室日常工作。
（二十一）勘察设计处（行政审批处）。负责水利技术工作，负责水利勘察设计市场的监督管理，组织实施市级水利项目规划、可行性研究、初步设计和市级水利行政许可项目的技术审查以及建设和运行管理重大技术审查工作。承担本部门行政审批制度改革工作，指导、规范本系统行政审批工作。按照“三集中、三到位”的要求，相对集中本部门有关行政审批事项的受理和审批工作。具体管理本部门行政审批窗口。
（二十二）审计处。拟订水利行业审计制度和业务规范。负责机关及所属单位落实重大决策、规划计划情况和财政财务收支、内部控制及风险管理的审计。负责机关及所属单位党政领导干部经济责任审计工作。负责水利行政事业性收费、重点水利建设项目、专项资金等的审计监督。负责督促落实审计发现问题的整改。
（二十三）信访处。负责指导水利行业的信访稳定工作，承担来信来访接待和处理工作。组织实施水利信访问题的调查研究等工作。协助区县（自治县）做好水利信访稳定工作。
（二十四）机关党委办公室。设置机关党委办公室。负责机关和所属单位的党群工作。具体管理本部门所主管的社会组织党的建设工作。
（二十五）离退休人员工作处。贯彻落实市委、市政府有关离退休干部工作的方针政策，组织拟订实施办法。组织落实局机关离退休干部的政治待遇和生活待遇，负责离退休人员社保信息维护和养老金发放、遗属生活困难补助工作。负责局机关离退休干部思想政治建设。在机关党委领导下，负责离退休党组织建设工作，引导离退休干部发挥积极作用。负责局机关离退休干部医疗保健服务管理工作，承办离退休人员体检、医疗费用报销、特病办理等工作。负责局机关老干部活动，组织局机关离退休干部开展文化体育活动，协助离退休人员办理出国（境）局内审批手续、证件使用手续、人事证明信息、干部档案查询信息等服务工作。指导局直属单位的离退休干部工作。承办局领导交办的其它事项。
