重庆市轨道交通建设办公室是重庆市城乡建设委员会直属事业单位，主要职责如下：
（1）承办城市轨道交通控制保护区范围内建设项目管理的日常事务。主要包括受理控制保护区建设项目的土地出让、方案设计、初步设计和施工图设计、轨道交通设施安全保护方案备案等各阶段的资料、技术审查及报批工作。
（2）承担城市轨道交通建设的日常工作。主要包括协助做好建设项目可行性研究、资料报送等前期工作，组织协调项目建设的征地拆迁、管线迁改、工程搭接等相关问题，参与拟订及实施轨道交通建设相关技术标准，承担轨道交通工程方案并联审批的技术审查等工作。
（3）提供轨道交通建设相关技术服务。主要包括为轨道交通工程方案设计、初步设计、第三方监测和质量检测等工作提供技术指导，开展轨道交通建设专题调查研究和交流合作等。
