根据上述职责，区水利局设2个内设机构：

（一）办公室

负责机关文电、会务、机要、档案、信访、督查督办、安全保密、信息、社会治安综合治理、后勤保障、议案建议及提案办理、目标管理、综合性文稿起草、宣传、机构编制、人事、教育培训、水利体制改革和指导全区水利系统人才队伍建设等工作。

（二）业务股（挂区人民政府防汛抗旱指挥部办公室）

拟定全区水利发展总体规划，组织编制重大水利综合规划、专业规划和专项规划；审核水利建设项目建议书、可行性研究报告和初步设计；指导水利设施、水域及其岸线的管理与保护；指导江河治理和开发；指导饮用水水源保护、城市供水的水源规划、城市防洪、城市污水处理回用等非传统水资源开发工作；指导农村饮水安全、农村节约用水和农村水能资源开发工作；组织拟定农村饮水工程建设规划并监督实施；指导灌溉排水和节水灌溉等工作；指导和协调农田水利基本建设和雨水集蓄利用“三小”工程工作；组织实施以工代赈农田水利项目；指导和协调农村水利管理体制和运行机制改革及农村社会化服务体系建设；承办行政应诉、行政复议、行政赔偿工作；负责区人民政府防汛抗旱指挥部办公室的日常工作。