铁路建设基金(扣除按规定允许作为费用列支的部分)作为铁路建设基金使用单位的国家资本金投入。铁路建设基金实行财政预、决算审批制度。铁道部应于每年12月10日前按照国家规定编制下年度铁路建设基金收支计划，报经财政部批准后实施。属于基本建设用途的，由财政部按计划部门批准的项目计划安排支出。年度终了后3个月之内，编制上年度铁路建设基金收支决算，并报财政部审批。铁路建设基金征收使用情况的预决算报表格式及编制办法由财政部商铁道部另行制定。

铁路建设基金应主要用于国家计划内的大中型铁路建设项目以及与建设有关的支出，主要包括：铁路基本建设项目投资;购置铁路机车车辆;与建设有关的还本付息;建设项目的铺底资金;铁路勘测设计前期工作费用;合资铁路的注册资本金;建设项目的周转资金以及经财政部批准的其他支出。

铁路建设基金建设项目的投资安排应严格按照国家有关基本建设管理的规定和程序办理。

铁路建设基金的征收、管理和使用应接受财政、审计和税务等部门的监督;财政部驻各地财政监察办事机构就地负责日常监督。凡未经国务院、财政部批准，将铁路建设基金挪作他用的，一律按违反财经纪律论处。