长江防总最早名为“长江中游防汛总指挥部”，成立于1962年，当时负责湘鄂两地的防汛。1969年，更名为“长江中下游防汛总指挥部”，管理范围涉及长江中下游五省一市。1996年，再度更名为“长江防汛总指挥部”，负责全流域的防汛管理。由于长江流域旱灾次数增多，长江防总因没有抗旱职能，不能及时有效应对。2007年6月1日，长江防总正式向国家防总提出了更名报告。2007年底，国家防汛抗旱总指挥部正式批复了《关于报送长江防汛总指挥部更名为长江防汛抗旱总指挥部的建议的报告》。长江防汛总指挥部正式更名为长江防汛抗旱总指挥部.2100433B
