生物洄游路迳受阻隔
横向构造物的兴建后，阻隔了原本可以在溪流中自由迁徙移动分布的水生生物，尤其是生活史中具有降、溯河性行为的种类。
栖息地单调化
横向构造物完工后，坝上方新形成的深潭，被水流携带的砂砾石块渐次淤满，减少了适合鱼类栖息所需的物理性环境因子与结构性栖地，即河道变宽，流速减缓，水深变浅；由深潭、急流、缓流与浅濑等多样化的栖地变成宽而浅的单调浅濑的河道。
减少水生生物的多样性与丰富度
横向构造物拦砂造成上游淤砂的单一化栖息环境，与常被水流扬起的沙质所产生的混浊，对水生生态系与藻类等多样性与丰富度造成负面影响。
水生生物族群基因库缩小与区隔化
由于溪流被构造物分隔而成区段化，在相隔两河段间，都只有向下游的单向分布。不论何种鱼类或水生生物，被封闭在有限的水域内，族群扩散模式遭阻断，持续进行单向的生殖交流活动，使得族群因近亲交配，造成基因库趋于单一化，其适应环境变化的能力逐渐降低，以致有灭绝的危机。
