办公室、计划财务科、水利建设与管理科、水政水资源科（市节约用水办公室）、质量监督与农电科等5个职能科（室）。
挂靠机构：市人民政府防汛抗旱指挥部办公室、市水土保持委员会办公室。
1、办公室
协助局领导组织机关日常政务工作，对各科室工作进行综合协调；承办文秘档案、政务信息、保密保卫、重大会议组织、宣传和信访工作；负责机关内部规章制度建设，以及局行政后勤工作，负责局机关离退休干部工作。负责局机关、局直属单位的机构设置、人员编制和组织人事管理、专业技术职务评聘、劳动力和劳动工资管理、职工教育培训等工作；组织实施国家公务员制度。负责调查研究全市水利改革、发展、稳定的重大问题，研究本行业适应社会主义市场经济的有关经济政策并提出政策性建议。
协助局党组开展日常工作，承办局党组交办的事项。
2、计划财务科
负责组织拟订全市水利水电及水土保持发展战略和中长期规划；组织拟定全市水中长期供求计划；组织制订全市主要江河的流域综合规划、区域规划和专业规划；承办我市重大水利水电及水土保持基本建设项目的可行性报告的编制、审查工作；编制全市水利水电及水土保持基本建设投资计划和前期工作计划；拟定水利行业的经济调节措施，对水利资金和综合经营进行宏观调节；指导全市水利系统财务和经济工作，负责全市水利水电固定资产的保值增值的管理监督；主管市直单位财务、综合统计工作。
3、水利建设与管理科
负责拟定全市农村水利的方针政策、发展规划；负责指导全市农田水利、乡镇供水、人畜饮水和农村节约用水工作，对农村供水实行行业管理；负责拟定全市节水型水利发展目标和计划，组织实施节水灌溉，推广节水型水利技术，组织实施中央、省安排的节水增产重点县和高标准节水增效示范片建设与管理；负责全市初级水利化县规划组织实施和旱片治理工作；负责指导组织实施全市城区防洪工程的建设与管理；组织指导全市水利设施水域及岸线的管理与保护；指导江河和水利枢纽工程防洪及安全运行管理；负责河道管理范围内建设项目的管理，组织指导水库的安全监管，指导水利行业的供水管理；组织审查上报小（一）型以上水利工程除险加固、挖潜配套、技术改造方案并监督实施；指导全市农田水利基本建设和产权制度的改革，指导农村水利社会化服务体系建设；组织指导市级河道的治理与开发;对全市水利工程建设进行管理；审查小（一）型水利建设工程项目的初步设计文件，并按国家规定的基本建设程序办理报批手续；组织指导水利工程灌区的管理、更新改造和续建配套工作；对全市水利管理行业进行业务指导，协同县（市、区）水利部门对大中型水利工程的管理工作。
4、水政水资源科（市节约用水办公室）
负责拟定全市水利规章、制度建设规划；负责《水法》、福建省《水法实施办法》等水法律、法规的组织实施和监督检查；归口管理地方性法规、政策、规范性文件；实施指导全市水政监察和水行政执法工作，承办县（市、区）和部门之间的水事纠纷协调的有关工作；承办局行政诉讼、行政复议和普法教育工作；负责全市水资源统一规划、管理和保护工作；组织实施取水许可制度和水资源费征收制度；拟定县（市、区）间水量分配方案并组织实施；负责全市水资源公报编制工作；拟定水资源保护规划，组织水功能区的划分和向饮水区等水域排污的控制，组织监测江河湖库的水质，审核水域纳污能力，提出限制排污总量的意见；负责对入河排污口设置、改建、扩建的审查；拟定全市节约用水政策，编制全市节约用水规划，管理指导全市计划用水，节约用水和城市供水的水资源规划。
5、质量监督与农电科
负责编制全市水利、水保科学技术发展规划；组织重大水利、水保科研和技术推广工作；组织评审、鉴定及奖励科研成果；主管科技情报和水利技术工作；管理全市水利行业质量技术监督和产品质量，负责水利行业技术质量标准和规程、规范的监督实施；监督管理全市水利水电、水保工程招投标和工程质量；归口管理工程监理、工程定额、施工、设计的资质审定工作；对全市水工程建设实行行业管理。
负责全市地方水电的建设与管理，组织协调全市农村水电电气化工作；指导、协调水利行业的农电体制改革、农网建设改造和城乡同网同价等工作；组织指导水电站大坝的安全监管；审查地方水电项目的初步设计文件，并按国家规定的程序办理报批手续。
1、市人民政府防汛抗旱指挥部办公室
组织全市防汛抗旱工作，承办市政府防汛抗旱指挥部的日常工作；负责《中华人民共和国防洪法》及省《实施细则》的实施和监督；组织编制我市防汛抗旱年度计划和制订中长期城市防洪、防台风战略规划；按照市政府防汛抗旱指挥部的指示，统一调控和调度全市水利、水电设施的水量，组织抗洪、抗旱、抢险。
2、市水土保持委员会办公室
市水土保持办公室是市水行政主管部门负责水土保持工作的行政机构，对外使用龙岩市水土保持委员会办公室的牌子，对内是市水利局内设一个科室。主要职能是：负责全市水土保持工作；组织宣传并实施水土保持方针、政策、法律法规，依法对执行情况进行督促检查；组织协调水土流失综合治理，拟定水土保持发展规划和年度计划并组织实施；依法审批生产建设项目的水土保持方案，并监督水土保持设施“三同时”的落实，监督对其所造成的水土流失进行治理；依法查处违反水土保持法律、法规的行政案件；组织水土流失动态监测；承办市水土保持委员会的日常工作。
