一、办公室

负责机关日常行政事务；负责文电、会务、机要、信息、宣传、档案、财务、保卫、信访、政务公开等；管理审计事业经费，对直属单位财务收支进行审计监督；承担局机关、直属单位的机构编制、人事管理、教育培训和专业技术资格考评等工作；承办协管县（区）审计机关负责人的有关事项；负责机关退休人员管理服务工作。

二、综合法规科

承担审计工作规划编制和年度审计项目安排工作；办理中央、省项目转授权和市属审计项目向下级审计机关授权工作；协调局机关各科（局）及直属单位审计项目实施；承担有关规范性文件的起草、修改和报批工作；审理有关审计业务事项；承担机关行政复议和行政应诉工作；负责审计统计工作；组织实施审计普法教育；指导和监督全市内审工作；指导全市审计科研工作。

三、财政审计科

组织审计市级预算执行和其他财政收支情况，组织审计县级人民政府预算执行、决算和其他财政收支情况；开展相关专项审计调查。

四、行政事业审计科（社会保障审计科）

组织审计市委机关、市人大机关、市政府工作机构、市政协机关、市法院机关、市检察院机关和民主党派、社会团体的财政财务收支；组织审计市政府主管部门和县级人民政府管理的教科文卫专项资金；组织审计市政府主管部门、县级人民政府管理和其他单位受市政府及其部门委托管理的社会保障基金、社会捐赠资金；开展相关专项审计调查。

五、经贸审计科(金融审计科)

六、农业与资源环保审计科（外资运用审计科）

七、审计信息技术应用科

负责全市审计信息化建设的规划与管理；承担计算机信息技术在审计领域的应用工作；负责全局计算机软、硬件的维护和管理；负责计算机房的管理和安全工作；负责《池州审计网》网站的更新与维护；承担电子政务相关工作。

八、经济责任审计局

组织实施市辖县（区）党委、政府、市直党政机关及依法属于市审计局审计监督对象的其他单位主要负责人的经济责任审计；承担市纪检、监察、司法机关要求协助配合的经济案件查证等工作；承担市经济责任审计领导小组办公室日常工作；指导全市经济责任审计工作。