办公室

负责文电、会务、机要、档案、后勤、安全保卫等机关日常工作；承担信息、保密、信访、对外宣传、党务政务公开等工作；牵头人大议案、建议和政协提案的办理工作；负责出国（境）护照的管理工作；负责指导直属单位的安全保卫工作。

人事科

负责机关和直属单位的人事管理、机构编制和劳动工资工作；负责机关和指导直属单位的劳动保护及职工教育工作；负责机关和指导直属单位离退休人员服务工作；负责机关和指导直属单位的工会、共青团、妇女和计划生育工作；牵头组织交通行业专业技术职称评审；会同有关部门进行技术工人、技师的考核评审工作。负责党务、政治思想和精神文明建设工作；负责局机关和指导交通系统的纪检、监察和党风廉政建设工作；负责交通系统各领域廉政建设工程的创建工作、参与交通系统违纪案件的查处，对交通系统执行党纪、政纪情况和执行市交通运输局党组重大决定的情况进行督查；承办上级纪检、监察机关交办的工作任务。

财务审计科

负责编制部门预、决算；承担交通经费、专项资金的财务工作；会同有关部门管理交通运输专项资金；负责局管资金的拨付与监督使用；负责本单位及所属单位的国有资产管理情况的内部审计；负责各县区及所属单位交通建设资金的内部审计，指导各县交通运输专项经费的审计工作；负责路桥收费站的行业管理工作。

规划基建科

组织编制综合交通体系规划及公路、水路、港口、航道等发展战略和专项规划；承担交通基础设施建设项目的前期立项、后期评价等相关工作；承担公路、水路建设市场的监督管理；负责交通建设工程质量、造价监督、工程定额管理工作；负责交通建设项目的对外引进工作；拟订交通行业科技发展规划，指导交通科研项目开发和成果的推广应用；指导公路路政、公路养护和农村公路的建设管理工作；协调高速公路建设的相关工作；指导交通建设领域的环境保护和节能减排工作;负责交通建设领域职责范围内安全生产的监管指导工作。

公路运输管理科

组织实施道路运输管理的法律、法规、规章和政策；拟订公路运输发展规划；负责跨县客运班线和指导各县内客运班线（含农村客运）的宏观调控；提出省际、市际客运班线发展的建议意见；拟订公路客货运输站（场）和交管站房建设规划和年度计划；协调指导道路运输管理机构实施公路运输管理；协调春运、黄金周期间公路交通、水路交通、城市交通、铁路交通等多种运输方式的联运工作；负责协调组织道路重点物资、军事物资、抢险救灾物资和紧急客货运输；负责危险货物运输的运力调控和从业人员的管理工作；指导公路运输领域的环境保护和节能减排工作；负责公路运输领域职责范围内安全生产的监管指导工作。

城市公交科

组织实施城市公共交通及出租车运输管理的法律、法规、规章和政策；拟订城市公共交通运输的发展规划；负责城市公共交通的运力调控和管理；指导和协调各县城镇公共客运；指导公交运输领域的环境保护和节能减排工作；负责城市公交领域职责范围内安全生产的监管指导工作。

安全监督科

组织拟订交通行业安全生产管理规定制度并监督检查执行情况；指导监督交通行业的安全生产工作，监督交通安全生产责任制；组织、指导开展交通安全生产和应急管理的宣传教育工作；按规定组织或参与重大交通安全生产事故的调查处理工作；承担负责交通行业安全生产事故统计上报工作；负责应急管理工作。

政策法规科

草拟交通行业的政策规定；指导交通行业体制改革、结构调整工作；承担交通行业规范性文件和交通行业重大政策性文件的审核工作；负责交通行政执法人员的培训；负责交通行政执法监督；承办有关行政复议和行政应诉工作；负责社会治安综合治理工作；指导本系统依法行政和普法教育工作。

交通运输综合行政执法局

指导、监督全市交通行政执法工作，承担本局的行政处罚和行政强制工作；组织查处重大交通违法违规案件，协调跨区域的交通执法工作（其职能配置、内设机构和人员编制按河机编〔2008〕22号文规定执行）。

港航管理局（港航管理科）

组织实施水路运输管理的法律、法规、规章和政策；拟订水路运输发展规划；负责水路运输和港口的行政管理；负责水路运输、水路运输服务及船舶代理等辅助性业务的行业管理；负责组织水路重点物资、军事、防洪抢险和紧急客货运输；参与航道、港口、码头等基础设施建设的规划立项和监督实施；指导水路运输领域的环境保护和节能减排工作；负责水路运输领域职责范围内安全生产的监管指导工作。

市交通战备办公室

负责执行国家国防交通动员工作的方针政策和法律法规，拟订全市有关国防交通工作规定、国防交通建设计划和运输保障计划，规划全市国防交通网络布局，筹措国防交通建设项目资金，参加国防交通建设工程的勘察、鉴（审）定和竣工验收；负责国防运力动员和运力征用，组织国防交通保障队伍，为军事行动和其他紧急任务组织交通保障；承办市人民政府、市国防动员委员会和上级国防动员主管机构交办的其他事项。