应急指挥中心为长期有效地开展工作，首先确立了联席会议制度。联席会议领导组长由市环保局长担任，领导组办公室设在市环保局，负责处理日常管理工作。联席会议除特殊情况外，每季度召开一次例会，研究解决应急救援队伍的自身建设、管理培训、救援演练以及日常管理等问题，并交流和通报应急指挥中心工作。为保证指挥中心处置突发环境污染事件，他们还制定了具体的处置突发环境污染事件实施方案。在方案中明确规定:指挥长、常务副指挥长、副指挥长以及指挥中心下设各组的职责和担负的主要任务，明确规定具体的处置、报告程序和对不同等级污染事件的处置应对办法。
