（一）办公室
负责文电、会务、机要、档案、后勤保障等机关日常工作；承担信息、保密、信访、政务信息公开、对外宣传、政务公开等工作；组织协调局机关工作，起草重大报告和综合性文件；牵头人大议案、建议和政协提案的办理工作；负责局机关和指导直属单位的安全保卫工作。
（二）党委办公室
负责局党组和直属机关党委的日常工作；负责局机关和指导直属单位党群、思想政治工作；负责局机关和指导直属单位的工会、共青团、妇女、计划生育和综合治理等工作；承担交通运输系统党组织设置和党员发展、教育、管理、监督等党的建设工作；负责党务干部的培训和党务干部队伍建设；负责局机关及指导交通运输系统干部、职工的教育和岗位培训工作；负责局机关和指导直属单位的内部纪检、监察等工作。
（三）政策法规科
起草有关实施细则、管理办法、政策措施等地方规范性文件并监督实施；承担机关有关规范性文件的合法性审核工作；负责法制、执法监督工作；承办行政应诉工作；指导交通运输行业的体制改革、结构调整等工作；指导交通运输系统依法行政和普法教育工作。
（四）人事科（加挂离退休人员服务科牌子）
负责局机关及指导直属单位的人事管理、机构编制和劳动工资等工作；按规定管理直属单位领导干部；协助有关部门做好专业技术人员资格评审和工人技术等级考核评审工作；办理出国（境）人员的有关报批工作；负责局机关和指导直属单位离退休人员服务工作。
（五）综合规划科
组织编制综合交通运输体系规划及公路、水路、港口、航道、地方铁路、轨道交通等发展战略、专项规划和年度计划，承担有关协调工作；参与民航的相关协调工作；参与拟订物流业发展战略和规划，提出相关政策和标准；承担交通基础设施建设项目前期工作、后期评价工作及有关规划的审核工作；提出省与地方联合投资、市有关专项资金和相关收费公路项目还贷资金安排建议；参与公路、水路有关交通战备工作和救灾等综合管理工作；承担公路、水路交通行业利用外资工作及对外交流与合作工作。
（六）基建管理科
承担公路、水路建设市场的监督管理；承担交通基础建设工程质量、造价监督、工程定额管理工作；承担市管建设项目设计、施工许可审查审批和省管项目施工许可审批初审工作；组织市管重点交通建设项目的竣工验收；指导和监督农村公路建设、管理工作。
（七）公路养护管理科
按公路养护技术规范和操作规程，负责公路、桥梁养护的监督管理；负责审核上报及监督、检查分级管理范围内的路面大中修、水毁预防及修复、公路安全保障、危险路段改善、危桥加固改造等养护专项工程项目；负责文明样板路的评选审核工作；负责交通量的调查工作；负责路况登记及上网公布工作；负责指导公路绿化工作。
（八）路政管理科
负责辖区内国、省道及地方公路路政管理、日常巡查工作；指导监督县（区）公路路政管理工作；组织实施路产路权管理，负责公路路产路权登记和档案管理等工作；检查、制止各种侵占或者损坏路产路权和危及公路安全的行为；监督管理全市公路交通标志、标线的设置。
（九）铁路管理科
参与拟订地方铁路、轨道交通建设规划和年度计划；负责全市地方铁路、轨道交通建设的前期准备工作，组织可行性研究、初步设计审查、报批等工作；参与组织协调全市地方铁路、轨道交通建设工作；负责地方铁路、轨道交通工程建设市场的监督管理工作，承担工程质量监督、造价监管及铁路、轨道建设过程中的服务、协调和安全生产工作；指导铁路、轨道延伸服务业的行业管理工作；协调中央、省垂直管理的铁路部门的涉地相关工作。
（十）道路运输管理科
参与拟订道路运输发展规划，制订地方行业管理规定；承担道路运输市场监管及指导城市公共客运的相关工作；组织实施重点物资和紧急客货公路运输；负责市内跨县（区）旅客运输、道路危险货物运输管理；负责道路客货运输及站（场）经营、机动车维修、机动车驾驶员培训、道路运输车辆综合性能检测等行业管理工作；负责客货运力投放和运输线路的管理；负责道路运输从业人员的从业资格管理工作；负责辖区内和指导全市货物运输治超源头监管工作；承办物流运输管理的有关工作，牵头组织节假日旅客运输工作；协调外贸货物运输，会同有关部门培育和发展道路运输市场；协调地方涉及民航、铁路等接驳道路运输的相关工作；协调中央、省垂直管理的邮政部门的涉地相关工作。
（十一）水路运输管理科
参与拟订水路运输发展战略、规划并监督实施；负责水路运政（水运执法除外）管理，维护水运行业公平竞争秩序；负责水路运输、水路运输服务及船舶代理等的行业管理；负责渡口、渡船的改造管理工作；协助管理水路运输有关经费的统筹使用；负责组织协调和实施水路重点物资、军事、防洪抢险、紧急客货运输；负责水路运输信息的统计、汇总、分析和管理工作；协助查处水上走私违法行为；协调中央、省垂直管理的航道、航标、救助、打捞等管理机构的涉地相关工作。
（十二）港口管理科（加挂海港管理科牌子）
参与拟订港口发展战略和相关法规草案并监督实施；负责港口行政管理，维护港口经营公平竞争秩序；参与港口规划及建设项目审核；参与组织实施港口公用基础设施建设和维护工作并负责对港口公用基础设施的监督管理；负责组织实施港口设施保安工作；负责港口及外轮理货、引航等港口辅助业，港口及港航设施建设使用岸线布局的行业管理；协助组织征收和管理港口行政管理的相关规费；负责港口生产信息的统计、汇总、分析和管理工作；协调中央、省垂直管理的海事、海关、检验检疫、边检等管理机构的涉地相关工作。
（十三）安全技术科（加挂应急办公室牌子）
组织拟订交通运输行业安全生产管理规章制度并监督检查执行情况；指导交通运输行业安全生产的管理工作，监督落实安全生产责任制；组织、指导交通运输行业安全生产和应急管理的宣传教育工作；按规定组织或参与交通运输行业安全生产事故的调查处理工作；承担交通运输行业安全生产事故统计上报工作；拟订交通运输行业科技、教育、信息化发展规划、计划和措施并指导实施；负责局机关信息化建设、管理工作；组织重大交通科技项目攻关、科技项目交流合作及新技术推广应用；配合有关部门加强公路、水路交通无线电管理；指导交通运输行业环境保护、节能减排等工作。
（十四）财务科（加挂审计科牌子）
贯彻实施交通运输行业财务、审计法规，拟订实施交通资金使用管理办法、制度；会同有关部门拟订交通有关规费政策，指导实施收费工作；组织编制部门预、决算；承担交通经费、外汇、信贷以及利用外资有关的财务工作；会同有关部门管理交通专项资金，负责局管交通资金的申请拨付及使用监督；管理各种有关收费票据及有价证券，协调有关经济事项；承担局机关财务工作；负责局机关及直属单位的国有资产监管和内部审计工作；负责内部管理领导干部的经济责任审计工作。
（十五）交通战备科
贯彻执行国家国防交通工作的方针、政策和法律、法规、规章，拟订市有关国防交通工作的规定；规划市国防交通网路布局，对市交通建设提出有关国防要求的建议，参加有关交通工程设施的勘察、设计鉴（审）定和竣工验收；拟订市国防交通保障计划，组织国防交通保障队伍，为本地区内的军事行动和其他紧急任务组织交通保障；负责本地区的国防运力动员和运力征用；按照国家有关规定，制定和实施本地区的国防交通物资储备计划，调用国防交通物资；指导、检查、监督全市国防交通工作，协调处理有关问题；承办上级国防交通主管机构和市人民政府交办的其他事项。
（十六）综合执法科（加挂潮州市交通运输综合行政执法局牌子）
贯彻执行国家、省和市有关交通运输工作的方针、政策和法律法规，拟订全市交通运输行政执法工作规划并组织实施；负责辖区范围内和指导全市道路运政、水路运政、公路（含高速公路）路政、航道行政、港口行政等方面的行政执法工作；负责辖区范围内对公民、法人及其他组织遵守交通运输法律、法规、规章的情况进行监督检查，依法纠正和查处违法违规行为，并对违反交通运输行政管理秩序的行为实施行政强制和行政处罚；统筹组织、指挥协调全市交通运输行业的专项整治，查处违法案件；协调跨区域交通运输行政执法工作；承担法律、法规规定的其他相关的行政处罚、行政强制及监督检查职能。
