根据以上职责，灵璧县国土资源局内设7个职能股室:
（一）办公室（政工室）
综合协调局机关政务工作，负责文电、会务、机要、档案、保密、宣传、保卫、接待、后勤等机关日常运转工作；负责重要事项的督查、督办和目标管理责任制考核工作；负责政务公开、窗口办文的有关工作；承担国土资源信息资料公共服务及信息化管理等工作。
负责局机关、直属单位和派出机构的机构编制、人力资源和社会保障工作，办理本系统出国（境）人员政审等相关事宜；承办并指导做好机关及所属单位离退休人员的管理服务工作。
指导全县国土资源所规范化建设；负责国土资源科技外事工作，指导全县国土资源系统内的对外合作交流和科技工作。
制定有关财务制度，拟定国土资源有关规费使用和管理规定；依法承担国土资源专项收入征管工作；负责对全县土地、矿产资源规费和矿产资源补偿费的统一管理和使用；承担国家和省、市、县财政安排有关工作经费、专项资金、基金等其他资金的财务管理和编制部门年度各项事业费、固定资产投资计划和专项经费预决算等机关财务工作；监督管理机关及直属单位国有资产；指导局直属单位财务工作。
（二）政策法规股
组织起草有关地方性落实法规规章办法草案；负责有关的法律咨询和来信来访工作；承担机关规范性文件的合法性审核、行政复议、行政应诉工作；组织开展有关法律法规的宣传教育、国土资源行政执法听证；指导推进全县国土资源系统依法行政。
（三）调控监测规划股
开展全县国土资源经济形势分析和综合研究，研究提出全县国土资源供需总量平衡的政策建议；参与宏观经济运行及相关改革政策研究，提出涉及国土资源的调控政策的措施建议；承担综合统计工作。
组织编制实施全县及区域性国土、土地利用、矿产资源、地质环境、测绘事业发展等综合规划，组织编制实施资源调查评价、勘查、基本农田保护、未利用土地开发、土地整理、复垦等专项规划；依法指导和审核县级以下国土规划、土地利用总体规划、矿产资源规划等；参与审核报国务院、省、市政府审批的涉及土地、矿产相关规划和城镇总体规划；参与制定实施全县基础测绘、地籍测绘及其他重大测绘项目的规划；参与报国务院、省、市政府审批的农地转用、土地征用、开发、复垦、整理等项目的审查。
编制实施土地利用计划和国土资源调查评价计划；承担建设项目用地预审工作；拟订有关国土资源的区域、城乡统筹协调、综合利用和循环经济的政策措施。
（四）耕地保护与征地管理股
承担组织指导基本农田保护、土地整理、复垦开发工作；拟定、实施全县耕地特殊保护和鼓励耕地开发政策、农地保护和土地整治政策并实施监督检查和验收；承担耕地保护目标责任制考核的有关工作，监督检查基本农田保护和占用耕地补偿制度落实情况；负责农业结构调整占用耕地审查、审批管理。
统一管理全县城乡土地征收、农用地转用工作，统一审核征收征用建设用地；拟定、实施全县农用地转用管理办法；组织指导农地用途管制工作，并实施监督检查和验收；承办报国务院、省、市政府审批的农用地转用及各类建设用地审查报批工作；负责全县征地安置补偿费的管理。
（五）地籍测绘管理股
负责全县城乡地籍地政管理工作；制定实施地籍管理办法；组织实施地方性土地调查、监测、统计的规程、规范、标准工作；负责并指导全县土地确权和土地所有权、使用权及土地他项权利登记、发证工作；管理并组织开展全县土地资源现状调查、地籍权属调查、变更调查、土地条件调查等专项工作；负责对全县土地资源状况进行评价；负责土地资源利用现状、土地权属状况及变更情况的统计工作；承担各类土地登记资料整理、共享和汇交管理工作并对统计数据进行审核、整理、汇总和分析；拟订全县土地调查、监测总体方案并组织实施；监督执行土地确权、登记、争议调处办法，承担并指导调处全县重大土地权属纠纷工作。
组织并管理全县基础测绘、行政区域界线测绘、地籍测绘和其他重大测绘项目，指导监督测绘成果质量管理和测绘成果资料汇交，审核重要地理信息数据；负责管理全县一、二级控制测量、规定项目的地籍测绘、房产测绘、地形测量、乡镇行政区域界线测绘和中、小型工程测绘等项目；负责测绘任务登记和测绘产品质量监督管理；监管测绘单位资质，负责测绘单位资格审查和报批；根据授权指导保护全县测量标志；依法管理全县地图编制工作，审查向社会出版、展示的地图，管理并审核地名在地图上的表示；管理全县测绘基准和测量控制系统；根据授权管理全县测绘行业的计量和标准化工作。
（六）土地利用管理股
承担城乡建设用地和土地市场管理工作；规范土地使用权出让、租赁、作价出资和转让行为；组织开展全县土地使用权划拨、出让、租赁、作价出资、入股、授权经营、转让、交易和政府收购管理工作；拟订并实施土地供应、土地价格、土地资产和土地储备管理办法；组织实施国有土地资产处置办法，负责国有土地使用权处置审查报批管理；依法管理和监督土地资产和土地市场；拟订并实施土地开发利用办法；组织实施乡镇、村用地管理办法和实施细则，负责农村集体土地使用权的流转管理；组织实施划拨国有土地使用权转让、出租、抵押及改变用途管理办法，指导各乡镇开展划拨土地使用权管理工作；组织实施建设用地供应的审查办法，参与报省、市政府及国务院审批的农地转用、土地征用和土地开发审查工作；承担节约集约用地评价和建设用地分等定级工作，组织指导实施全县土地定级、基准地价、标定地价的评定，对土地市场和地价实施动态监测；组织和实施土地估价和土地使用权价格备案工作；承办土地评估机构及其人员的资质、资格的审查上报认定工作。
（七）矿产开发管理与地勘储量股
拟订并组织实施矿产资源开发管理的政策措施，提出关于矿产资源开发管理政策的建议；承担全县矿业权审批登记发证的管理工作；依法进行矿产资源采矿权的审批登记发证、延续、变更、注销、年检，审查备案采矿权评估结果；组织划定县规划矿区，编制实施矿业权设置方案；依法监督管理矿产资源开发、利用、保护、矿产品流通和矿业权市场；承担矿产资源保护和保护性开采的特定矿种、优势矿产的相关管理工作；监管矿产资源勘查、开采活动；调处重大矿业权权属纠纷；负责征收采矿权使用费和采矿权价款。
组织拟定矿产资源储量管理的相关规范性文件；组织实施矿产资源储量管理办法、标准和规程；负责全县矿产资源储量登记、统计工作；组织实施矿山矿产资源储量动态监督管理；承担矿产资源补偿费的征收、矿产地储备、压覆矿产资源管理的事项；负责建设项目压覆矿产的审核；参与审批开办矿山的立项和可行性报告；负责对矿产储量的核销审计和矿山闭坑地质报告的审查报批；负责矿产资源预申请和采矿权招投标、拍卖工作；承担矿业权评估和地质资料的汇交监督管理工作，组织汇交地质资料的开发与利用工作；承担组织矿产资源供需形势分析和战略研究工作。
组织开展全县矿产资源调查评估，研究本县地质勘查产业发展方向和相关政策，引导地质勘查产业结构调整；编制全县地质勘查规划并组织实施；负责县级地质勘查项目和全县地质勘查活动的监督管理，保护探矿权人、地质勘查单位的合法权益；负责地质勘查成果和地质勘查单位资质管理工作；依法进行勘查审批登记发证和探矿权转让审批登记；组织实施专项地质勘查工作。
组织协调和监督、监测重大地质灾害防治工作；对防灾工程设计、勘查施工、质量监控、成果验收进行监督管理；组织建设用地地质灾害危险性三级评估结果备案；承担监督管理古生物化石、地质遗迹、矿业遗迹等重要保护区、保护地的工作；依法管理水文地质、工程地质、环境地质勘查和评价工作；组织监测、监督防止地下水过量开采引起的地面沉降和地下水污染造成的地质环境破环；会同有关部门编制全县矿山地质环境保护规划；负责组织实施矿山地质环境保护的监督管理工作。
