燃油的净化包括： 沉淀、过滤和分离。

燃油净化系统沉淀

燃油在装运过程中，务必避免混入淡水、海水和机械杂质，这是净化的先决条件。燃油在各舱柜中静置24h以 下，并从舱柜底部适时排污(水)，可达到初步净化的目的。

燃油净化系统过滤

过滤是燃油净化的重要环节。由各种过滤材料组成的粗、细燃油滤器分布在燃油系统中，最后在喷油器入口处还可设置高压缝隙式滤器。对各种滤器应加强管理，包括适时的检查、清洗以及燃油过滤前(后)压力和温度的调节。重油的过滤压力和温度均应适当高于船用柴油。有的资料提出： 用深型多级过滤装置可以取代离心式净油机。只是采用此种方案时存在频繁更换和清理过滤材料的麻烦。

燃油净化系统分离

分离仍是目前净化燃油的主要和有效的手段。重油的分离宜采用高效离心式自动排渣的净油设备，包括分水机和分杂机。有资料表明： 两台并联的分水机再串联一台分杂机清除杂质的效率可达80%；两台串联的分杂机在降低流量50%时除杂效率可达90%。也有资料建议采用净油机的并联净化法，此法可在不降低净油的有效性的同时提高经济性。重油净化之前应先获得可信的粘度数据，以便精确地选择比重环。理想的情况是船上自备简易、速成测量设备，以便直接得到可靠的粘度数据。对于密度十分接近水的重油， 密封水中可加入约10%的硫酸镁溶液，能提高分水的效果。