根据上述职责，市住建局内设14个职能科室。
（一）办公室
综合协调和督查局机关日常政务；负责文电、会务、保密、机要、档案、后勤保障等机关日常运转工作；负责综合性文稿起草、公文核稿、政务信息、宣传、信访、安全保卫和有关行政事务管理工作；负责机关内部制度建设；围绕机关重点工作开展调查研究；组织办理人大代表建议、政协委员提案和重要批示件；负责机关财务资产管理，组织编制年度固定资产投资计划,指导所属事业单位财务资产管理工作；负责市政基础设施配套费等相关规费收取的管理工作；负责归口行业统计。
（二）组织人事科
负责机关及所属事业单位党的建设、统战综治和精神文明建设；负责机关及所属事业单位组织人事、机构编制、计划生育管理、因公出国（境）审查与报批等工作；负责离退休干部管理和服务工作；负责联系群团工作；负责行业职业教育、继续教育等工作；负责住建行业专业技术职务评聘工作；负责指导所属事业单位的人事制度改革以及企业体制改革等工作；指导住建系统人才队伍建设。
（三）政策法规科
负责住房、城乡规划、建设、测绘与地理信息有关法律法规和方针政策贯彻实施；负责全市行政区域内违反住房保障、城乡规划、建设、住宅与房产业管理法律法规行政案件的调查处理工作；负责全市经营性开发、立项住宅项目的规划核实工作，依法出具规划核实确认书；负责全市立项项目规划建设行政案件，住房、测绘与地理信息行政案件的书面审核、登记等工作，并提出书面处理意见；负责全市涉及房屋权利、归属和内容更正登记的前期调查取证工作；负责全市规划违法案件处理后的手续补办工作；负责全市住房、城乡规划、建设的法律法规宣传工作；负责案件审理会的组织工作和案件听证工作；负责局机关规范性文件的审核、备案工作；负责撤销行政许可、行政处罚、房屋登记的调查取证及审查工作；指导基层所对违法、违章案件的查处工作；承办行政复议案件和行政诉讼案件的应诉、行政赔偿案件的理赔工作。
（四）行政审批科
负责全市建设项目的建设用地、建设工程、建筑施工审批管理工作；负责全市新开工工程的安全条件受理和建设工程质量监督手续办理工作；负责全市临时改变房屋用途的审批管理工作；负责核发除个人住宅建设外建设项目的选址意见书、建设用地规划许可证、建设工程规划许可证、临时建设用地规划许可证、临时建设工程规划许可证和建筑工程施工许可证；负责除个人住宅建设外建设项目的建设工程方案审定、非政府投资工程初步设计审批工作；指导基层所行政许可的相关工作。
（五）城乡规划科
组织编制瑞安市城市总体规划（包括市域总体规划、市域城镇体系规划）、控制性详细规划、修建性详细规划、城市设计和专项规划，依法实施职权范围内的规划管理；指导各中心镇城镇总体规划、镇控制性详细规划、修建性详细规划、村庄规划及专项规划的编制，并负责组织技术审查及协助报批；会同有关部门编制、审查本市范围内的风景名胜区总体规划、景区详细规划，并负责本市城市规划区内各风景名胜区的规划、建设管理工作；参与历史文化名城、历史文化保护区的申报和文物保护单位保护范围的审查工作;负责市政府交办的各类规划的组织编制、审查、报批等工作；参与相关部门专项规划的编制、审查工作；负责拟订城乡规划年度编制计划和编制经费的使用方案；负责城乡规划草案的公示；负责城乡规划成果的公布和管理；负责组织对市域总体规划实施情况进行评估；负责全市城乡规划政策研究、综合协调工作；负责城乡规划信息统计上报工作。
（六）建筑业管理科
拟订全市建筑业发展产业和技术规范性文件，贯彻执行建设行业各项强制性标准；组织实施建设行业的地方性标准和行业规范；负责全市建设市场的规范化管理工作；负责全市建筑施工企业、房地产企业、工程勘察设计企业、施工监理企业、建筑制品企业以及建筑中介服务机构的行业资质管理工作；负责权限内的外来建筑业企业的审查与管理工作；负责全市建设工程从业人员执业资格培训、审查和审批工作；负责全市建设科技发展、节能推进及墙改技术指导工作;负责全市建设行业对外经济合作和外事管理工作；负责编报年度建设计划和建设统计报表工作；指导建设工程项目的报建、招标投标、合同鉴证、定额标准和工程造价工作；指导全市城乡规划建设档案管理工作；指导村镇建设管理工作。
（七）工程质量安全管理科
负责全市建设工程质量、安全生产、文明施工的管理工作；负责安全生产文明施工标准化工地的评选或推荐工作；负责城市住宅及经营性场所装修、修缮的管理工作；负责全市房屋安全管理和危险房屋鉴定工作；负责建筑业企业安全员和特种作业人员的教育培训和管理；负责建设项目的竣工验收管理工作；负责对全市建筑业企业的年度安全考核工作，落实安全生产责任制，并进行监督管理；会同有关部门调查处理工程质量、安全事故；指导局属企事业单位的质量和安全生产工作。
（八）房地产市场管理科
贯彻落实有关房地产市场的法律法规和方针政策，拟订本市房地产市场管理相关规范性文件并组织实施；依法负责监督、规范全市房地产市场，做好房地产市场的监测、统计、分析及信息公开工作；负责商品房预售许可审核、现售备案工作，参与指导商品房预售资金的监管；负责监督、规范存量房交易市场；负责全市房屋租赁登记备案工作业务指导；负责全市房地产中介机构及其从业人员的行业管理工作；参与拟订城市国有土地使用权出让方案；参与核定国有土地使用权出让基准价格。
（九）住房保障科
拟订并组织实施住房制度改革方案；负责落实市政府保障住房政策并组织实施;指导房改有关工作；指导全市廉租住房、经济适用住房、限价商品房和公共租赁住房等保障性住房的分配工作；组织和实施农村困难群众住房救助工作；负责历史遗留私房政策落实；负责房改政策业务咨询;指导全市直管房产的产业管理和经营管理工作；指导全市住房资金的管理工作。
（十）房屋登记管理科
负责房屋登记相关法律、法规的贯彻落实，拟订本市房屋登记相关规范性文件并监督实施；指导全市房屋所有权登记、抵押权登记、预告登记、其他登记及发放房屋权属证书工作；指导房屋登记档案管理工作。
（十一）物业管理科
拟订并组织实施本市物业管理方面的规范性文件；负责全市物业管理的监督管理工作；负责全市物业管理企业资质的申报登记和初审工作；负责签订物业用房协议书及物业管理用房的承接验收工作；负责检查、监督全市住宅小区公共配套设施；指导全市物业专项维修资金、物业保修金及物业项目招投标管理工作；指导全市白蚁防治工作；会同街道办事处、镇人民政府指导业主成立业主大会、选举业主委员会，监督业主大会和业主委员会的日常活动；参与新建住宅小区的规划、扩初会审和竣工验收接管工作。
（十二）征收补偿科
拟订本市国有土地上房屋征收与补偿方面的相关规范性文件并组织实施；负责办理委托实施单位承担房屋征收与补偿具体工作的相关手续，并对委托实施的房屋征收与补偿行为进行监督；拟订征收补偿方案；负责组织对征收范围内房屋的权属、区位、用途、建筑面积等情况进行调查登记，并公布调查结果；负责暂停办理房屋征收范围内的新建、扩建、改建房屋和改变房屋用途等相关手续的书面通知工作；指导补偿协议的签订工作；负责市政府作出补偿决定的报请工作；指导房屋征收补偿档案的建立工作，并公布分户补偿情况；负责组织相关从业人员培训学习工作。
（十三）测绘与地理信息管理科
拟订本市测绘与地理信息规范性文件并组织实施；负责测绘与地理信息法律、法规的宣传工作；负责全市测绘与地理信息市场的监督管理，负责测绘与地理信息资质管理工作；依法查处测绘与地理信息活动中的违法行为；负责管理地图、测绘成果与地理信息；负责地理信息数据变化监测和综合统计分析工作；承担突发公共事件处置应急测绘与地理信息保障工作；负责测绘与地理信息标准、质量和技术的管理工作，管理和维护测量标志；负责全市测绘成果审核工作；负责全市测绘项目备案工作；负责监督管理测绘与地理信息项目招投标工作；负责测绘与地理信息行业综合统计。
（十四）测绘与地理信息开发利用科
负责组织编制和指导实施基础测绘中长期规划和基础测绘、海洋测绘、地籍测绘及其他重大测绘项目规划与年度计划；拟订全市地理信息资源开发利用和地理信息产业发展的规划；负责全市基础测绘、海洋测绘、地籍测绘、行政区域界线测绘、城市测绘和其他重大测绘项目，以及航空摄影与卫星遥感影像采购的组织和管理工作；负责提供测绘与地理信息公共服务和对外提供测绘成果的审批；负责“数字瑞安”地理空间框架、瑞安市地理空间数据交换和共享平台的建设管理和推广应用工作；指导和组织协调地理信息新产品开发、新技术应用和地理信息产业发展工作。
市住建局设置监察室，与局纪委合署办公，主要负责纪律检查、行政监察工作。
