目前的生态厕所利用率最多的是微生物菌种分解粪便的厕所，它利用其生长繁殖活动对粪便中可利用的大分子有机化合物进行生物降解并转化为菌体生物量，竞争性的抑制并杀死粪便中的病原性微生物，吸附、降解、转化粪便中产生的臭味物质，实现了粪便的无害化、资源化处理。能达到零排放的功能，对环境完全不造成任何污染。

对生态厕所的称谓有多种：生态环保厕所、生物厕所、微生物厕所、干式搅拌厕所等等。

生态厕所按其发展完善过程可分为：

第一代模仿型生态厕所，是在国外引进机的基础上模仿而成的，特征是粪尿直入主机，进行生物处理。

第二代改进型生态厕所, 在第一代的基础上，根据国情改进成型的，特征是粪尿分离，大便直入主机，进行生物处理；小便引出主机进入其它系统处理排放。

第三代完善型生态厕所，在第二代的基础上，增加负压通风系统，充分改善了厕内的如厕环境。

第四代创新型生态厕所，是生态厕所发展的里程碑，它有许多关键点的突破，比如动态的固液分离器；自动出渣装置；用电量的大幅下降等等。

生态厕所按用途不同可分为：免冲生态厕所、水冲生态厕所、循环冲生态厕所、太阳能免冲生态厕所、手摇生态厕所等。