（一）办公室。负责机关日常工作的协调和督查，负责机关文电、会务、机要、保密、档案、宣传、政务公开、后勤保障等工作；负责起草机关重要文件、综合文稿和领导讲话；承办人大代表建议、政协委员提案答复工作；负责机关和所属单位老干部服务工作。
（二）人事处。负责机关和所属单位的机构编制、干部人事管理和教育培训工作。组织水利行业专业技术职务评聘，工勤人员技术等级培训考试、考核工作。
（三）财务处。负责机关财务、国有资产管理及内部审计工作，监督指导所属单位财务管理、国有资产工作。组织提出市级水利财政资金安排建议，并统筹协调项目实施的监督管理和绩效评价。提出有关水利价格、税费、基金、信贷的建议。
（四）规划计划处。拟订全市水利发展规划，组织编制重大水利综合规划、专业规划和专项规划。组织实施中央、省和市级水利建设投资计划。负责审核重点水利建设项目建议书、可行性研究报告，按规定权限审核初步设计报告。督促检查水利重大政策、决策部署和重点工作的贯彻落实情况，指导水利改革创新工作。负责全市水利统计工作。监督实施水利行业的技术标准、规程规范。组织指导水利科学研究、技术引进和科技推广，开展水利交流与合作。
（五）水政水资源处（市节约用水办公室）。起草水利地方性法规、政府规章草案，贯彻落实水利政策。承担机关规范性文件的合法性审核工作，承担行政复议、行政应诉的有关工作，指导监督水政监察和水行政执法，协调跨县（市、区）水事纠纷，组织查处重大涉水违法事件。承担实施最严格水资源管理制度相关工作，组织实施水资源论证、有偿使用工作，负责规划水资源论证报告书审查。指导水量分配工作并监督实施。指导河湖生态流量工作。
组织编制水资源保护规划，按规定开展饮用水水源保护有关工作。组织指导地下水超采区综合治理。配合有关部门制订水功能区划，开展水资源调查评价和监测有关工作，组织发布水资源公报。组织水资源承载能力监测预警工作。贯彻落实节约用水政策，组织编制并协调实施节约用水规划，组织开展计划用水、节约用水工作。组织实施用水总量控制、用水效率控制、计划用水和定额管理制度。指导和推动节水型社会建设工作。
（六）水利工程建设与安全生产管理处。负责水利工程建设管理，制定有关制度并组织实施。组织实施具有控制性的和跨县（市、区）的重要水利工程建设。组织指导水利工程蓄水安全鉴定和验收，指导主要行洪河道堤坊、病险水库、水闸的除险加固。负责水利建设市场的监督管理。组织实施水利工程质量和安全监督。依法负责水利行业安全生产工作，负责水库、水电站大坝及农村水电站的安全监管。
（七）农村水利水电处。组织编制大中型灌排工程发展规划，组织开展大中型灌排工程建设与改造，组织指导农村饮水安全工程建设管理工作，指导节水灌溉有关工作。组织开展水能资源调查，组织拟订农村水能资源开发规划，指导水电农村电气化、农村水电增效扩容改造以及小水电代燃料等农村水能资源开发工作。指导农村水利社会化服务体系建设。
（八）水土保持与水库移民处。承担水土流失综合防治工作，组织编制水土保持规划并监督实施，组织水土流失调查与监测、预报并公告，监督检查开发建设项目水土保持方案实施工作。指导生态清洁小流域建设。承担水库、水电工程移民管理和后期扶持工作，组织实施水利工程移民安置验收、监督评估等工作，组织开展新增水库移民后期扶持人口核定。
（九）水旱灾害防御处。组织编制全市洪水干旱防治规划，主要行洪河道和大中型水库的防御洪水抗御旱灾调度以及应急水量调度方案并组织实施。承担水情旱情预警工作。负责主要行洪河道和防洪保护区的洪水影响评价监督实施工作。指导水利设施的管理、保护、安全鉴定和综合利用，组织编制水库运行调度规程和大坝安全管理应急预案。指导水库、水电站大坝、堤防、水闸等水利工程的运行管理与划界。
（十）河湖管理与调水处。负责水域及其岸线的管理与保护，负责主要河道的开发、治理和保护；负责河湖水生态保护与修复以及河湖水系连通工作。监督管理河道采砂工作，指导河道采砂规划和计划的编制。
承担跨区域流域水资源供需形势分析，指导水量调度工作并监督实施，统一组织并监督实施水库、河流水量调度和生态补水等工作。负责制定实施引江、当地地表水年度利用计划。
协调落实南水北调配套工程有关政策和措施。按规定做好南水北调配套工程竣工财务决算、审计和工程验收有关工作。监督实施南水北调配套工程年度供水计划。指导监督南水北调配套工程运行管理工作。督促指导受水区县（市、区）地方配套工程建设。
（十一）河长综合协调处。负责文电、会务等河长办日常运转工作；组织市级总河长、市级河长及市级责任单位联席会议；制定河长制年度工作要点；组织实施河长制年度考核奖惩；组织河长制宣传工作等。
（十二）河长督察处。负责对市级总河长、市级河长督办事项进行督查，制定督查方案并组织实施河长制工作督导检查；负责对投诉举报事项和问题的督促整改；负责河长制信息管理平台建设和运行维护等。
直属单位党委（机关纪委）。负责机关和所属单位的党建、宣传、思想政治、精神文明建设及群团等工作；承担机关和所属单位党风廉政建设具体工作。
