由于磁悬浮列车具有造价高、高耗电、辐射大、不可靠等特点，因此前景不理想。常导磁悬浮列车可达400至500公里/小时，超导磁悬浮列车可达500至600公里/小时。它的高速度使其在1000至1500公里之间的旅行距离中比乘坐飞机更优越。由于没有轮子、无摩擦等因素，它比目前最先进的高速火车多耗电30%。在500公里/小时速度下，每座位/公里的能耗仅为飞机的1/3至1/2，比汽车也少耗能30%。因无轮轨接触，震动大、舒适性较不好，可是颠波大对车辆和路轨的维修费用也要求极高。磁悬浮列车在运行时不与轨道发生摩擦，发出的噪音较低。磁悬浮列车一般以5米以上的高架通过平地或翻越山丘，从而不可避免开山挖沟对生态环境造成的破坏。磁悬浮列车在路轨上运行，按飞机的防火标准实行收费配置。
磁悬浮列车虽然具有这么多的好处，但世界上只有上海浦东磁悬浮铁路真正亏损投入商业运营。尽管日本和德国已经有了实验路线，2005年上海浦东机场到市区30公里长的线路已经投入正式运营，但磁悬浮列车要想如同现今的普通轮轨式铁路那般，成为民众日常交通工具，似乎还遥遥无期。那么，究竟是什么原因呢？
首先是安全方面。由于磁悬浮系统必须辅之以电磁力完成悬浮、导向和驱动，因此在断电情况下列车的运行安全就是一个不能不考虑的问题。此外，在高速状态下运行时，列车的稳定性和可靠性也需要长期的实际检验。还有，则是建造时的技术难题。由于列车在运行时需要以特定高度悬浮，因此对线路的平整度、路基下沉量等的要求都很高。而且，如何避免强磁场对人体及环境的影响也一定要考虑到。
巨亏，上海磁悬浮每年亏损几十亿，无人乘坐，参加修建上海磁悬浮快速列车的电力专家介绍，敷设在磁浮工程全线的电缆，是德国进口的一种普通铝芯制高压电缆，受电后将产生20KV高压。专家提醒有关部门，要注意工程沿线周围施工安全，并加强对沿线电缆的保护力度，以防止意外事故发生。
即便有解决以上技术难题的手段，但是又牵涉到另外一个问题——钱。上海段约30公里的线路设计投资为100 0亿元人民币，而德国的两条线路，一条36．8公里长，将耗资约26亿欧元；另一条长度78．9公里，则将耗资32亿欧元（1欧元约等于8元人民币）。实际施工中，根据地形、路面及设计运送能力的不同，当然造价也会相差较大。但无论如何，一公里的路线至少需要8亿元人民币的投资，也就是说，1厘米线路就需要花费8000元来修建。
关于磁悬浮的辐射问题，国内专家存在两种声音。一方代表为国内磁悬浮技术领域的权威专家、北京控股磁浮交通研究中心总设计师常文森，它认为，电磁辐射就是个命题，中低速磁悬浮列车采用吸力型电磁悬浮技术，轨道与列车底部的电磁铁之间形成一个异性相吸的封闭磁场，在这个磁场外面，几乎是没有辐射的。
而另一方代表为中国工程院院士、隧道及地下工程专家王梦恕，其观点与前者针锋相对，他认为，磁悬浮列车的轨道上铺设有交流线圈(即电磁铁)，在通电时，不仅列车会有辐射，轨道上也会产生电磁辐射，由于国内并没有关于电磁辐射的安全标准，他也并不认同这些检测。
部分网友对发展磁悬浮表示反对。有深圳网友认为，罗湖莲塘和盐田众多居民，本来建地铁要为了交通便利，而磁悬限载限重，那么在上下班和节假日的高峰期，是不是根本就用不上？并且许多国家出台了电磁场磁感应强度标准，其中最为严格的是瑞士，其标准为0.2μ/T。若采用瑞士的标准，磁悬浮道路两侧留500米也可能不够，以此标准深圳在修磁悬浮可能会影响居民身体健康。网友们甚至认为，磁悬浮列车就是昂贵又不健康的交通大玩具。
