约柜损毁说

圣经没有说明约柜的去向，很可能在巴比伦人攻占耶路撒冷后将其捣毁。但是，公元1世纪的犹太历史学家约瑟夫(Josephus)认为，约柜在罗马帝国毁灭耶路撒冷时，连同圣殿一同被毁。

约柜埃塞俄比亚拥有说

有传说指有人把约柜偷运出耶路撒冷，据说现存放於埃塞俄比亚阿克苏姆市的圣玛利教堂。

探索频道曾派摄制队前往埃塞俄比亚，追寻消失了的约柜，不过当地的教士一直都不肯让摄制人员观看。因此，约柜是否仍然存在，仍然是一个谜。

据说，偷出约柜的人就是所罗门和南方示巴女王的私生子米尼里克。示巴女王访问所罗门时，所罗门以辛辣的食物致使示巴女王夜间口渴，错喝了摆放在桌台上的水。所罗门以违规之名，惩罚示巴女王为他侍寝。后来示巴女王所生的儿子就是米尼里克。米尼里克长大后在以色列地学习，与看守约柜的利未人很熟。就在所罗门王老年的时候，他和几个祭司一起偷出了约柜，回到了他母亲的国家。（示巴女王的国度在埃塞俄比亚，一说也门）仍在那里。这一说法圣经没有记录。

约柜外星说

有阴谋论者表示约柜的诸多性质表示其内装的是一件外星高科技产物，因为圣经中描述约柜会发亮和怪声，可以在天空穿梭，还有消灭千军万马的能力；也有搬运者触摸到就死亡。而埃塞俄比亚「声称」拥有的存放圣殿有一种奇怪的制度就是会选出一位「看守者」，只有该人有权力亲眼接触约柜，且必须终生住在圣殿，有记者发现每个看守者死亡的间隔有规律，且看守者自己表明自从接触约柜後身体开始有不适的慢性病。

所以综合消息怀疑论者推测内容物可能有轻放射性，而约柜是为了某种原因打造出来阻隔放射线，但是年代久远导致有放射性外洩，也可以解释触碰者的死亡。此种说法只被教廷视为坊间科幻小说。