自然生态系统具有维持自身相对平衡的能力。这种自动调节能力的大小与生态系统的成分、结构有关。例如，北极冻原生态系统中的苔藓和地衣如果受到重大损伤，整个生态系统就有可能崩溃。因为那里的生态系统结构简单，其他生物都是直接或间接地依靠苔藓和地衣来维持生活的。相反，在热带雨林生态系统中，因为生物种类繁多，食物链也多，如果其中的某种草食动物大量减少甚至灭绝，还可以由其他食物链中的草食动物来代替，依然可以维持这个生态系统的生态平衡。不过，一个生态系统的自动调节能力无论怎样强，也总有一定的限度，如果外来的干扰超过了这个限度，生态平衡就会遭到破坏。
破坏自然生态平衡的因素，有自然因素和人为因素两类。
自然因素自然因素主要指自然界发生的异常变化，或自然界本来就存在的对于人类和生物有害的因素，例如火山爆发、山崩海啸、水旱灾害、地震、台风和流行病等。
人为因素人为因素主要指由于人类的活动，造成环境污染和自然环境被破坏。人类为了生产和生活的需要，不断地从环境中索取大量的自然资源，常常达到掠夺的程度；同时，又向环境中排出大量的废气和某些物质污染环境。战争也破坏生态平衡，例如1991年海湾战争中，大量排放石油到海洋和燃烧石油，使周围海域和一部分地区，受到灾难性的石油污染和空气污染，造成生态平衡不同程度的破坏，给生物和人类带来灾难。
