芨芨草病害

芨芨草常见病害有黑粉菌、白粉、球壳菌腐霉菌，受侵害的植株常有苜枯、叶枯、秆、橞腐等症状，严重者将导致植株死亡。防治方法：注意植物检疫，插种前种子消毒：1/1000氯化汞浸种10-20分钟，然后洗涤；消灭田野草地病源，烧数病枺，流行季节可喷波尔多液。在利用有毒农药防鼠及病虫害期，要防止家畜误食中毒。

芨芨草虫害

主要害虫有螟虫、草原毛虫、草地螟等，这些昆虫主要蚕食芨芨草叶。防治方法常用马拉松、敌敌畏喷粉或用300-1000倍液敌百虫（1千克90%的敌百虫加水3000-1000千克水）啖雾。此外还要在冬季清除枯枝杂草，消灭虫卵。

芨芨草鼠害

危害芨芨草的主要鼠类有高原鼠兔、阿拉善黄鼠、长爪田鼠、布氏田鼠等。它们主要嗜食叶、茎、种子及芽，消耗牧草，此外还在芨芨草根部筑穴，破坏根系发育，直接响植帙生长，导致生长衰退乃至死亡。防治方法有化学灭鼠法和机械灭鼠法。化学灭鼠法常用杀卧剂磷化锌、甘氟等与毒饵如燕麦、青稞、大麦、青干草杀等相摔，投放到鼠穴附近。8%磷化锌青棵饵配制比例为：磷化锌:10%面糊:青磲=8:5:100。机械捕鼠法有封洞法、水法、吹风灭鼠法及设置捕鼠器等。