关于菱科的分类归属，历史上各学者曾有不同的看法。1828年比利时分类学家Dumortier在Anal. Fan.学报上曾正式采用Trapaceae科名。1879年由英国植物学家Hook f.在《英属印度植物志》（Flora of British India）中曾归在柳叶莱科（Onagraceae)中。1898年由Engler和Prantl主编的《植物自然分类志》（Die Naturliche Pflanzenfamilien）曾采用Hydrocaryaceae科名。1921年在 《印度支那植物志》（Flora Genealed'Indochina）中又改为Oenotheraceae科名。但由于菱属Trapa L.植物子房2室，每室1胚珠，果为坚果状之差异，所以不少学者主张把它独立出来而自成一科，如1951年后有美国康奈尔大学Lawrence, 1969年英国J. Hutchinson在《有花植物志属》（Genera of Flowering Plants），前苏联A. Takhtajan（1980），美国A. Cronquist（1981）等及我国多数学者都沿用Trapaceae科名至今。

菱科、桃金娘科、千屈菜科和柳叶菜科均属于桃金娘目。菱科植物花单生于叶腋，两性，整齐，四基数，子房半下位且稍呈周位，在第三纪上新世北半球地层中曾发现过化石。而千屈菜科Lythraceae花既有单生，也有构成聚伞或圆锥花序，两性整齐或不整齐，一般为4、6或8基数，子房明显周位，化石见于老第三纪和新第三纪。故Miki认为菱科植物最早是由桃金娘科Myrtacee和千屈菜科逐步演化过来的。从这三个科的特征来看，三者的共同点是：异被花、离瓣、雄蕊多数、萼管状及心皮也完全合成一花柱。应该说，它们是有一定的亲缘关系的。但从地史年代、习性、形态特征，菱科植物应较千屈菜科为进化。而柳叶菜科花四基数、子房下位、胚珠多数、陆生等特征不同于菱科，而在某些方面又较菱科为进化。