蓝藻纲（Cyanophyceae）在生物分类学上是蓝藻门（Cyanophyta）中的仅有的一个纲。 蓝藻纲包括4个目：色球藻目Chroococcales、颤藻目Oscillatoriales念珠藻目Nostocales和真枝藻目Stigonematales，后三个目的藻类细胞彼此相连形成丝状群体，念珠藻目和真枝藻目形成厚壁孢子（Akinete）或异型胞（heterocysts）（胡鸿均和魏印心2006）。厚壁孢子被认为是一种休眠细胞，而异型胞与固氮有关，只有产生异型胞的蓝藻才产生厚壁孢子（Graham and Wilcox 2000）。蓝藻纲约有2000多种，隶属140属20科，其中已知有固氮作用的约120多种。

早在1874年，Sachs以细胞的光合色素为主要特征建立了蓝藻纲（Canophyceae），1879年，Cohn建立了裂殖植物门（Schizophyta），所根据的特征是这类生物都是以二分裂（binary fission）为主要生殖方式，实际上这个门包括了细菌（bacteria）、蓝藻（cyanophytes）和酵母菌（yeast）；1957年Dougherty将生物分为原核生物和真核生物，到1961-1962年才弄清蓝藻的细胞学特征，确认它是原核生物，它的结构与细菌完全一致，因此把它作为细菌看待（Stanier et al. 1962）。1974年，在权威的«伯杰氏细菌鉴定手册»（Buchanan and Gibbons 1974）中，正式列出了原核生物界（Kindom Prokaryota），包括了蓝细菌门（DivisionCyanobacteria）和细菌门（Division Bacteria）（毕列爵1990）。但是，蓝藻一向是作为植物的一个类群来对待的，以«国际植物命名法规»为依据命名，即使用典型的植物分类学方法，用形态学特征作为基础。而这种以形态学为主的分类方法用于细菌分类，几乎毫无可能，而用细胞化学和生物化学却证明是行之有效的。因此，有学者认为，“蓝藻”既不是典型的细菌也不是典型的藻类，实际上是细菌和绿色植物之间的连接者（Fay 1983）。