已知100多种蓝藻( 大多数为念珠藻目的种类）能固定大气中的分子态氮成为结合态氮，合成蛋白质 。据估计 ，在热带水稻田中可固氮1～70千克氮/公顷·年，可以作为水稻田肥源。中国已筛选出自己的固氮蓝藻藻种，首先在湖北省数万亩的大面积晚稻田中放养试验成功，提高水稻的产量达10%～15%。有些蓝藻含有较高的蛋白质（一般为20%～25%）、较完备的氨基酸和多种维生素，因此，可以作为食物，如中国传统食品发菜（产中国北部和西北部半干旱地区）、葛仙米（产华中华南山区稻田湿地）、地耳（普生）等。螺旋藻等含蛋白质高可达70%，为非洲乍得、拉丁美洲墨西哥的传统食品，已人工培养，作为商品。螺旋鱼腥藻在中国陕西利用作为鱼种的饵料。有些鱼类，如罗非鱼以蓝藻为食料。在水环境保护中，利用蓝藻吸收工业废水中氮、磷和其他化合物，降低含量，起到一定的净化作用。
