蓝藻既有有益的种类（葛仙米），也有有害的种类。在富营养水体（N、P含量高），蓝藻容易大量增殖而占据绝对优势，如三湖（滇池、太湖、巢湖）的蓝藻连年暴发。蓝藻水华受到广泛关注的重要原因之一就是因为蓝藻能产生各种各样的天然毒素 ， 主要是环肽 、 生物碱和脂多糖内毒素 ， 致毒类型包括肝毒性 、神经毒性 、 细胞毒性 、 遗传毒性 、 皮炎毒性等 ， 其中以肝毒性的微囊藻毒素（ microcystin ） 危害最大 ， 受到的关注最多； 蓝藻毒素与许多人工合成的有机污染物不同 ，只要水体中有产毒蓝藻存在 ，它就可以源源不断地产生并被大量释放到水体中 ，危害生态安全和人类健康。一些动物（如鲢、鳙）能以蓝藻为食，因此在实践上可以通过投放它们来治理蓝藻或防止蓝藻的爆发（称为非经典生物操纵技术）。2100433B
