*热冲击过大时容易造成整块线路板变形，从而使线路板顶部的元器件焊点开路

*双面混装电路板上焊好的表贴器件可能出现二次熔化

*焊好的热敏器件（电容，LED等）容易因温度过高而损坏

*为防止上述情况的发生而使用的工装夹具容易形成焊接阴影进而造成冷焊

运行成本较高。

在波峰焊的实际应用中，助焊剂的全板喷涂和锡渣的产生都带来了较高的运行成本；尤其是无铅焊接时，因为无铅焊料的价格是有铅焊料的3倍以上，锡渣产生所带来的运行成本增加是很惊人的。此外，无铅焊料不断熔解焊盘上的铜，时间一长便会使锡缸中的焊料成分发生变化，这需要定期添加纯锡和昂贵的银来加以解决；

维护与保养麻烦。

生产中残余的助焊剂会留在波峰焊的传送系统中，而且产生的锡渣需要定期清除，这些都给使用者带来较为繁复的设备维护与保养工作；

线路板设计不良给生产带来一定的困难。

有些线路板在焊接时，由于设计者没有考虑到生产实际情况，无论我们设定什么样的波峰焊参数和采用各种夹具，焊接效果总是难以让人完全满意（例如，某些关键部位总是存在透锡不良或桥连等缺陷）。波峰焊后不得不进行补焊，从而降低了产品的长期可靠性。