根结构特点与抗旱性：根是植物吸收水分的重要部位，也是最直接、最早感知土壤干旱的器官，其木质化程度、输导组织等都会影响植物适应干旱的能力，长果木棉木质部较同属的木棉和吉贝属的吉贝发达，表明长果木棉更能有效地输送水分。该研究表明长果木棉和木棉有较吉贝发达的周皮，能有效的控制水分散失。研究表明在水分充足的条件下，较大的导管直径便于水分向上长距离输送，提高输送效率。但土壤水分缺乏环境下的植物导管一般较长和管腔相对较窄，较大的导管直径容易造成导管空腔和栓塞，不利于形成根压向上长距离输送，而根压与植物的最终生长高度直接相关，在相同水分条件下较小的导管直径有利于根压的形成，保证将水分输送到较高的树顶围。长果木棉一方面通过发育较小的导管直径来保证将水分输送到高处，同时通过较多的导管数量来提高输送水分的效率。

茎结构特点与抗旱性：研究表明茎的表皮与皮层较厚可使植物的蒸腾作用降低，皮层中附有体积较大的贮水细胞且排列紧密，这些特征都能提高植物的保水性和抗旱性。长果木棉皮层面积占茎横切面积的比值较木棉和吉贝大，这不但可以储存大量的水分，还可以缓冲外界温度的强烈变化，防止植物因体内水分的过度蒸腾而死亡。长果木棉和吉贝茎中发达的维管组织，具有很强的输导作用，可以高效输导水分。

叶结构特点与抗旱性：研究表明在干旱条件下，叶片结构对干旱的适应策略主要是向着增强储水性、降低蒸腾和提高光合效率等3个方面发展。研究表明植物叶片厚，表皮细胞大具有较强的储水能力；叶片具有较厚的表皮细胞外壁与角质层，能有效地防止水分散失；同时栅栏组织发达，能有效利用光能，避免高温和光照对植物的伤害。研究表明长果木棉叶片大而厚，这是叶面积较大的长果木棉能在中国干热河谷良好生长的原因。研究表明发达的主脉有利于水分和养分的运输，长果木棉主叶脉发达体现其对水分的有效运输，同时其叶脉形成半圆扩大了光合面积。