根据上述职责，交通运输局设8个内设机构：

（一）办公室。

负责文电、会务、机要、档案等机关日常运转工作；承担综合性报告、文件起草和政务公开、保密、信访、政务值守、督促检查和综合协调等工作；组织办理建议、提案；组织协调新闻宣传和交通信息网站建设；组织开展精神文明建设等各类创建。

（二）政工人事科。

负责局机关和直属单位的机构编制、组织人事、劳动工资等工作；指导局直属单位各级党组织加强思想作风建设、组织建设；指导全市交通运输行业人才队伍建设、交通运输系统体制改革和交通运输行业专业技术职务评审及劳动技能鉴定等工作；负责交通运输系统劳动工资统计工作；承担局机关离退休老干部管理工作。

指导全市交通运输系统党风廉政建设；组织开展廉政教育、典型教育和警示教育活动；制定局机关年度党风廉政建设和反腐败工作、行政效能建设、纠风工作等工作计划，掌握纪检监察工作动态，发现问题及时上报；受理本系统工作人员违纪行为的检举、控告、申诉及违纪案件的调查、处理。

（三）运输安全科。

贯彻执行公路、水路、城市客运等运输政策；负责道路、水路客货运输、城市客运、装卸搬运、车船维修检测、机动车驾驶学校和驾驶员培训以及汽车租赁等市场监管；负责重点物资、紧急客货运梳运的组织协调及联运、防汛工作；承担协调服务铁路、邮政等工作；会同有关部门拟订和管理交通运输的运价和票证；负责督促指导全市交通运输生产的安全管理和水上交通安全监督、船舶检验和公路路政等管理工作；指导全市城乡客运及有关设施的规划和管理工作；负责社会治安综合治理工作；指导承担全市交通运输系统的执法监督、行政复议、诉讼及法律咨询等工作；承担交通战备有关工作。

（四）综合计划科。

组织编制交通运输中长期规划和年度计划；督促检查交通运输基础设施建设、养护计划的实施；负责大中型建设项目的立项、工程可行性审查、报批以及重点建设工程前、后期评估等工作；参与拟订物流发展战略和规划，拟定交通运输物流有关政策、标准，并监督实施；按规定承担物流市场有关管理工作；组织指导交通运输行业统计、信息引导工作。

（五）县乡道管理科。

负责制定全市范围内县乡公路的规划和建、养、管年度计划；负责督促指导县乡公路工程建设和养护技术、质量管理、公路绿化工作；负责管理县乡公路工程技术标准、技术规范、评审工作；组织、参与县乡公路工程建设项目的初步设计以及竣工验收等工作；指导全市农村公路建设和养护技术管理工作；负责交通运输扶贫工作。

（六）基建科。

贯彻执行交通运输基础设施建设、质量和养护技术管理方面的方针、政策；负责全市交通运输基础设施建设市场监管、建设和养护的质量管理及公路绿化工作；负责管理交通运输工程技术标准、技术规范和评审工作；组织对工程建设项目竣工验收和工程决算；指导全市公路、水路和城市客运行业科技、环保、节能减排工作和全市交通运输建设、养护技术管理工作。

（七）财务科。

指导全市交通运输系统财务管理工作，拟订交通运输财务管理、专项资金等内部制度并监督实施；负责政府投资交通运输重点工程建设项目资金筹措和监督管理；负责专项资金和基本建设的预、决算编审上报、批复下达工作；承担政府采购、投资金融、银行信贷等有关管理工作；负责组织有关资产评估、产权界定、资产处置、清产核资等工作；负责局机关和局直单位财务、资产管理工作。

（八）审计科。

指导全市交通运输系统内部审计工作，拟订交通运输系统审计管理内部制度并监督实施；组织实施对交通运输专项资金使用及管理情况的审计；组织实施对交通运输行业管理中的重大财务收支和经济效益进行审计；负责对交通运输建设项目进行内部审计；组织实施对局管干部的离任（任期内、任期终结）经济责任审计；负责编报交通运输审计统计报表等工作。