黑斑病
危害症状：主要为害幼苗茎基部和块根。病苗基部叶片变黄脱落，地下部分变黑腐烂，苗易枯死，造成缺苗断垄。采收前发病最多。病斑为褐色至黑色，中央稍凹陷，上生黑色霉状物或刺毛状物。块根变苦，不能食用。
防治方法：实行轮作倒茬，建立无病种田，采用无病苗进行大田种植。栽插种苗时，用甲基硫美可湿性粉剂500-700倍液，或高锰酸钾500倍液蘸根底部6-10厘米，浸泡2-3分钟；种球芽（苗）用50%的多菌灵可湿性粉剂500倍液浸种球芽3-5分钟后，捞出晾干，或以高锰酸钾500倍液浸种球芽后，放入栽植穴中。
根腐病
危害症状：又叫烂根病，地下茎形成褐色凹陷纵裂的病斑。地上秧苗节间缩短、矮化，叶片发黄，发病严重的地下茎全部变黑腐烂。患病块根表面粗糙、布满大小不等的黑褐色病斑，中后期龟裂，皮下组织变黑。
除上述病害外，在中国四川西昌攀西地区还发现由病原链格孢属真菌引起的叶腐病和主要为害叶片、叶面、叶缘及叶尖的紫斑病。该病初期病斑圆形至椭圆形，紫黑色，后期扩大呈不规则状连片紫黑色大斑，最后发病部位焦枯，无明显晕圈，感病叶尖稍向上卷曲。
地老虎
危害症状：又叫地蚕、乌地蚕，为鳞翅目夜蛾科害虫。包括小地老虎和黄地老虎。以幼虫为害，昼伏夜出，咬断根茎，造成缺苗断条。
防治方法：加强管理，及时清除田间杂草、枯枝、叶片。用50%的辛硫磷乳油1000倍液或2.5%的溴氰菊酯1000倍液，喷施在幼苗上或幼苗根际处。
金龟子
危害症状：成虫咬食叶片和嫩芽，造成叶片多孔缺刻或芽枯。
防治方法：冬季清除田间杂草，深翻土地，消灭越冬虫；施用腐熟的有机肥，施后覆土，减少产卵量；危害期用90%的敌百虫1000-1500倍液喷杀，在为害较重的田中，设置30瓦黑光灯诱杀成虫。
蛴螬
危害症状：咬断幼苗根茎，切口整齐，造成幼苗枯死，或蛀食块茎，造成孔洞，使植株生长衰弱，影响产量和质量。
防治方法：秋季或春季深翻土地，可将部分成虫或幼虫翻至土表，使其冻死、风干或被天敌捕食。多施腐熟有机肥，改良土壤结构，改善通透性，提供微生物活动的良好条件，促进雪莲果块根、块茎健壮发育，从而增强植株的抗虫性。可于播种前撒生石灰拌土，用50%的辛硫磷乳油拌种（球芽）5-10分钟，待种子将药液吸干后，即可播种。在成虫盛发期用90%的敌百虫800-1000倍液喷雾，防治成虫。在蛴螬产生较大危害时，用药液灌根。可用90%的敌百虫500倍液或50%的辛硫磷乳油800倍液灌根，150-250克/株，杀死根际幼虫。
