（一）综合管理部

负责中心政务、人事、财务、劳资的日常管理工作；职工学习培训工作；信息网络（知识管理系统）管理与维护工作；协调中心内外关系，发挥参谋作用。

加挂研究室牌子，负责相关发展问题的研究及项目后评价工作的前期准备工作。

（二）总工程师办公室（专家委员会秘书处设在总工办）

负责与省发改委咨询业务、评审业务的衔接；咨询业务协议（合同）的洽谈、签订、管理及工作任务的分解下达；中心咨询业务的技术和质量工作；项目内部评审会议的组织安排；中心优秀咨询成果的申报和课题研究；专家库的建设和管理；入库专家资格的审验、聘用专家的评价及管理；承办专家委员会秘书处日常工作；协助综合部开展职工业务培训工作；办理工程监理资质。

（三）咨询业务一部

开展资质范围所允许的工程咨询业务，主要承担工业、循环经济和社会事业项目工程咨询工作。

（四）咨询业务二部

开展资质范围所允许的工程咨询业务，主要承担农业、生态环境项目工程咨询工作。

（五）咨询业务三部（公司业务部）

开展资质范围所允许的工程咨询业务，主要承担基础设施及农业、生态环境、旅游项目侧重基础设施的项目工程咨询工作。

（六）项目评审部

受政府部门委托，对主要由政府投资的项目概（预）算提出初步评审意见，为政府部门审批项目提供决策依据；参与政府投资项目的标准、定额的调整和评审工作；承担有关政府投资项目的效益评估。

（七）办公室（公司）

负责中心打字文印、车辆管理、后勤服务工作。

（八）公司财务部

负责青咨公司、青咨房地产公司的财务管理工作。

（九）青咨房地产公司

负责房地产开发工作、开展工程监理、工程项目建设（代建）工作。

（十）青咨物业公司

负责物业方面的管理工作。

（十一）格尔木青咨工程咨询有限公司

成立于2012年12月18日，位于格尔木市昆仑路371号。主要负责青海省格尔木周边的的工程咨询业务。