南方熊楠的环境观集中体现在他于明治45年在《日本及日本人》上发表的《反对神社合并的意见》一文中。这是一篇针对明治政府计划将那些既有的存在基础薄弱且以街区为单位供奉的氏族神庙实施废除，并改为以村镇为单位进行合并祭祀的政策提出反对意见的文章。南方熊楠在文章中采取的是分析神社在复杂的自然风土系统中起到了怎样的作用这样一种简明的方法。他提到，神社周围的树木不仅能保护益鸟繁衍，还有防沙、保护水源的作用，并且当发生火灾、地震等自然灾害时作用更加明显。对村民来说神社周围的树木不仅仅是一份财产，这里还可以出售食品饮料给前来参拜的人，也是村民们将自己制作的节庆染织旗幡等手工制品变为商品的场所。树木不但可以维护生态系统的稳定、防止水土流失，而且对生产和经济活动的贡献也不可小觑。同时，它还能在村民自治下有效地运营，并提供人们活动的场所，陶冶、培养村民情操和热爱乡土之心，民心因此得以安定。而这又可以反过来促进村民更好地维护神社，维持生态系统的稳定。对南方熊楠来说，神社以这样的方式存在，不仅有益于环境、经济、社会各方面的和谐稳定，而且在冥冥之中为这些互相影响的复杂关系提供正常运行的条件和守护。