根据上述职责，南充市高坪区审计局设5个内设机构：

（一）办公室

负责文电、会务、机要、档案等机关日常运转工作，承担财务、保卫、信访、保密、宣传、接待、爱国卫生、绿化、帮扶、绩效管理、政务公开、社会治安综合治理等工作；负责机关管理方面的综合性文件及重大文稿的起草；编发审计信息、审计要情；负责编写《审计年鉴——高坪篇》等工作；负责全区审计业务统计和举报工作；编制审计项目计划，检查审计项目计划的执行。承担局机关及直属单位的机构编制、人事管理、工资福利、教育培训、计划生育、出国（境）人员政审和审计专业技术职称考评等工作；负责机关离退休人员工作；联系特约审计员工作；承担机关党务和群团等工作。

（二）法规股

宣传贯彻执行审计工作的法律、法规、行政规章以及相关规章制度等；复核审理有关审计业务事项；承担机关有关规范性文件的合法性审核工作；实施审计行政执法和审计业务质量的监督检查，监督审计决定的执行；承担机关行政复议、行政应诉和普法、依法治理等工作。

负责指导、监督内部审计工作；组织协调对社会审计机构出具的属于审计机关审计监督对象的单位的相关审计报告核查工作；负责审计决定的执行工作；跟踪落实审计整改情况。

（三）财税审计股

负责审计区级预算执行、其他财政收支及税收征管、区国库办理区级预算资金的收纳拨付情况及乡、镇人民政府的决算和其他财政财务收支情况。开展相关专项审计调查。

（四）行政（事业）企业审计股

负责审计区级人大机关、政协机关、法院机关、检察院机关、政党组织、社会团体的财务收支；组织审计区政府有关部门及直属单位的财务收支；负责审计区政府主管部门管理、其他单位受区政府或区政府主管部门委托管理的专项资金；开展相关专项审计和审计调查。

负责审计区属国有及国有资本占控股或主导地位企业的资产、负债和损益，组织实施对其他国有及国有资本占控股或主导地位企业的审计监督；依照法律、法规规定或区政府要求对其他企业进行审计监督；开展相关专项审计和审计调查。

负责审计区政府主管部门和其他单位受区政府或区政府主管部门委托管理的养老、医疗、工伤、失业等社会保障基金、社会捐赠资金以及其他有关基金、资金的财务收支；开展专项审计和审计调查。

负责审计区属国有金融机构、区属国有资本占控股或主导地位金融机构以及审计厅、市审计局授权或统一组织的国家金融机构的资产、负债、损益；负责审计区属国有担保公司、政府性融资平台公司；负责审计国际组织和外国政府在区援助、贷款和赠款项目的财务收支和项目执行情况。

（五）固定资产投资审计股

负责审计区政府投资和以区政府投资为主的建设项目的预算执行情况和决算、区管国家重大工程项目资金的筹集、使用情况；开展对区政府重大投资项目的跟踪审计及有关专项资金和重大项目的绩效审计。组织对区管其他国家建设项目和区属国有及国有控股施工企业、房地产业的审计监督；开展相关专项审计和审计调查。