麝香百合鳞茎球形或近球形，高2.5-5厘米；鳞片白色。茎高45-90厘米，绿色，基部为淡红色。叶散生，披针形或矩圆状披针形，长8-15厘米，宽1-1.8厘米，先端渐尖，全缘，两面无毛。
花单生或2-3朵；花梗长3厘米；苞片披针形至卵状披针形，长约8厘米，宽1-1.4厘米；花喇叭形，白色，筒外略带绿色，长达19厘米；外轮花被片上端宽2.5-4厘米；内轮花被片较外轮稍宽，蜜腺两边无乳头状突起。花丝长15厘米，无毛；子房圆柱形，长4厘米，柱头3裂。蒴果矩圆形，长5-7厘米。花期6-7月，果期8-9月。
