与此前的黄河防汛总指挥部相比，新成立的黄河防汛抗旱总指挥部一方面在成员单位上有所扩大，从原来的4个省（自治区）和1个军区扩大到了8个省（自治区）和3大军区；另一方面，指挥部的职责和任务也从原来的单一防汛转变为防汛和抗旱并重。
黄河防汛抗旱总指挥部由河南省省长李成玉任黄河防汛抗旱总指挥部总指挥，黄委主任李国英任常务副总指挥，青海、甘肃、宁夏、内蒙古、山西、陕西、河南、山东省（区）副省长（副主席）及兰州、北京、济南军区副参谋长担任副总指挥。黄河防汛抗旱总指挥部办公室设在黄委。
黄河防汛抗旱总指挥部的基本职责是贯彻落实《水法》、《防洪法》、《黄河水量调度条例》等法规，按照国家防总的要求，组织、指导、协调、监督黄河流域的防汛抗旱工作。
