RFID系统存在的主要问题是不兼容的标准。RFID的主要厂商提供的都是专用系统，导致不同的应用范围和不同的行业采用不同厂商的频率和协议标准。RFID的标准处于割据状态，铁路、公路、航空等各领域都有各自的标准。这种混乱的状况已经影响了RFID整个行业的增长，并增加了跨行业应用时的成本。
欧美的很多组织已经着手解决这个问题，并有望在彼此竞争的RFID系统间寻找出某些共性。1996年，美国开始制定RFID标准，“全国信息技术标准委员会（NCITS）”召集主要的RFID厂商和用户起草了2.45GHz频率的草案，供ISO采用。
正像标准化刺激了条码技术的快速增长和广泛应用，RFID厂商的合作对这种技术的发展和推广也是非常重要的。
