出版社内设机构有水利水电出版分社 （《中国水利年鉴》编辑部、水利水电技术标准咨询服务中心、水利志书编辑室）、电力电气出版分社、教育出版分社、万水出版分社、土木建筑出版事业部、少儿出版事业部、外语出版事业部、稿件处理中心、装帧出版部、市场推广部、发行部、国际合作部、数字出版中心、资本运营部等业务部门，以及社长办公室、党委办公室、财务资产部、出版管理部等管理部门。此外，出版社另有一个副牌——奔流电子音像出版社，并设有北京万水电子信息有限公司、北京科水图书销售中心、北京瑞兴文化艺术中心等法人企业。在社本部和水利部机关大楼，分别设有北京科水书店和水雅书屋。在全国各主要城市，还设有40余家水利水电专业发行站和专业书店。现有各类职工300余名。
