1985年6月，随着伊犁地区政府机构的分设，伊犁州建设局和伊犁地区建设处正式分设。
2001年3月，随着原伊犁地区政府机构的撤消，原伊犁地区建设局合并入伊犁州城乡建设环境保护局。
2001年4月9日，根据（伊州政办[2001]13号）文件精神，撤消伊犁州城乡建设环境保护局，成立伊犁哈萨克自治州建设局，是综合管理全州工程建设、城市建设、村镇建设、建筑业、房地产业、市政公用事业、勘察设计业的综合职能部门。行业管理塔城、阿勒泰地区建设局，伊犁州直属八县两市及霍尔果斯口岸、都拉塔口岸等18个建设局、规划局、房地产管理局。
2011年12月15提，根据《伊犁哈萨克自治州人民政府机构改革方案实施意见》（伊州党办发[2011]52号）文件精神，组建住房和城乡建设局。整合城乡建设和住房管理机构和职能，完善住房保障体系，加强城乡建设规划统筹，不再保留建设局。
