侏儒卢旺达睡莲的野生栖息地是卢旺达的一处温泉溢出形成的温暖潮湿的湿地。它的野生莲花与普通莲花的对比外灭绝始于2008年，当地的农民为了解决农业用水问题，切断了睡莲栖息地的水源，造成只有几平方米大小的睡莲栖息地被彻底破坏。在它灭绝前，一部分睡莲样本被送到了德国波恩的植物园，才使其在温室内延续，但是植物学家们没有办法使其种子萌发。
根据基尤植物园的信息，小睡莲于1987年被发现，原生地在卢旺达西南部的马许扎，但是因为当地过度开发温泉而在两年前消失 。
野生小睡莲已经绝迹，伦敦基尤植物园所培植的50株小睡莲是该生物在全世界最大的种群 。
