该种与毛枝五针松很相近似，但华南五针松小枝无毛，种子连翅与种鳞近等长；而毛枝五针松小枝密被毛，种子连翅短于种鳞，针叶也较短，可以区别；且两者针叶的解剖构造区别显著，
该种叶内树脂道2-3个，背面2个边生，腹面1个中生或无，皮下层细胞一层，内皮层细胞的弦切壁明显加厚，表皮的护卫细胞上无明显的圆形纹孔；而毛枝五针松树脂管3，中生，皮下细胞除连续排列的第一层外，稀有个别细胞散生其下形成第二层，内皮层的细胞壁薄，表皮的护卫细胞上有明显的各种圆形纹孔。
植物分类学报5卷3期（1956年）中曾将华南五针松与海南五针松合并作为日本五针松的变种。虽然华南五针松与毛枝五针松、台湾五针松、日本五针松亲缘较近，但华南五针松与海南五针松的形态并不相同，海南五针松针叶细长（长10-18厘米，径不及1毫米），种子仅具极短之翅（通常长2-4毫米），与华南五针松明显不同。
