根据上述职责，市交通运输局设6个内设机构。

（一）办公室

负责文电、会务、机要、档案、文印等机关日常运转工作；承担综合性报告、工作总结、文件起草；撰写交通政务信息、年鉴、史志；负责上级及本局重要决策、指示的承办、督促检查工作；负责政务公开、保密、信访、计划生育和机关后勤行政管理工作；负责本系统单位内部治安保卫工作；负责局机关的对内对外宣传工作、政治理论学习和思想政治工作等。

（二）规划建设科

组织编制综合运输体系规划，承担有关协调工作；组织拟订公路、水路等行业发展战略和规划，承担公路、水路、站场建设发展规划计划和建设项目的前期工作、行业审核和后期评价工作；提出全市交通运输专项资金投资政策和资金安排建议并监督实施；贯彻执行全市公路、水路建设相关政策、地方标准、规范和管理规定并监督实施；承担公路、水路等交通基础设施建设市场监管责任，维护交通行业基本建设市场平等竞争秩序，建立健全公路、水路建设资格准入机制及市场信用管理体系；负责交通工程造价行业管理工作及公路建设工程招投标活动监督管理工作，动态管理公路、水路评标专家库；负责公路、水路建设项目及重大项目的审查、组织实施、竣工验收；依法审批、审查公路、水路建设项目设计文件、开工许可；指导公路（桥梁水路）养护工作；负责交通基础设施建设工程质量监督管理工作；拟定全市交通行业的科学发展规划，负责管理全市交通重大科技项目的实施；负责组织编制港口规划，依法承担港口岸线使用审查、审批和上报工作；参与拟订物流业发展战略和规划。

（三）综合运输科

承担综合运输体系规划建设与发展的协调工作；参与拟订公路运输、城市公共交通管理等相关政策、制度和标准并监督实施；承担道路、水路运输市场监管责任；承担车辆维修、营运车辆综合性能检测、机动车驾驶员培训机构和驾驶员培训等（行业）管理工作；承担公共汽车、出租汽车、汽车租赁等方面的指导工作，具体负责市区公共汽车、出租汽车等公共交通行业管理，组织编制市区公共交通规划，草拟城市公共交通管理规范性文件，负责出租车的运力投放和管理，新辟、调整公共汽车线路，组织对公共交通经营单位的质量信誉考核，监督公共交通经营服务质量，维护公共交通行业的经营秩序。负责公路路政、道路、水路运政管理工作；负责组织协调重点物资和抢险救灾物资的运输工作；负责行业节能减排工作；管理全市交通行业的科技统计、标准、计量工作；负责交通行业统计、预测、信息工作。

（四）安全法规科（行政审批办公室）

贯彻执行国家安全生产的方针、政策和法律、法规；负责承办机关及与交通运输行政有关的地方性法规、规章、规范性文件草案的起草，拟订并监督实施公路、水路安全生产政策、法规和应急预案；指导有关安全生产和应急处置体系建设；负责有关交通运输行业安全生产监督管理工作；依法组织协调或参与有关应急处置及事故调查处理工作；负责指导交通运输行业综合治理及维护稳定工作。承担有关安全生产、应急信息统计、分析工作，指导全市交通运输防汛、防疫、防震、消防等工作；承办相关行政执法、行政复议、行政应诉工作和国家赔偿案件等法律事务；指导监督公路、水路运输行业有关行政执法工作。负责交通法制宣传教育工作，负责公路、水路运输行业行政执法人员交通行政执法证件的核发和地方行政执法证件的申领工作；牵头负责本局行政审批工作。

（五）财务内审科

负责拟定全市交通行业财务会计、固定资产和专项资金管理制度并组织实施；负责公路、水路行业有关投融资政策拟订承办工作；负责交通运输行业基础设施建设资金筹集管理工作；负责专项资金、政府采购、外汇、信贷有关工作；负责本部门预算的组织编报、执行和管理工作；承担机关和直属单位财务及国有资产管理、内部审计工作；负责各县（市、区）交通运输行业财会工作和内部审计业务的指导、协调、服务和监督检查工作；编报交通运输资金综合使用计划工作；归口管理行业国际经济技术合作交流工作和指导协调公路、水路运输行业利用外资工作，开展对外合作与交流。负责外部审计的协调配合及审计的应用工作。

（六）人事教育科

承担局机关和直属单位的干部人事、机构编制、体制改革、劳动工资和离退休人员管理工作；指导交通运输行业人才队伍建设工作；承担有关智力引进；组织交通行业专业技术人员职称审核推荐和工人技术等级的审核推荐工作；办理外派人员和因公出国（境）人员的政审和材料报送业务；负责劳动工资统计；承办局业务主管社会团体相关事务。负责组织实施交通运输行业资格制度的相关工作。